COL3A1

COL3A1 (англ. Collagen type III alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 466 амінокислот, а молекулярна маса — 138 564.

COL3A1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2V53, 3DMW, 4AE2, 4AEJ, 4AK3, 4GYX
Ідентифікатори
Символи	COL3A1, EDS4A, collagen type III alpha 1, collagen type III alpha 1 chain, EDSVASC, PMGEDSV
Зовнішні ІД	OMIM: 120180 MGI: 88453 HomoloGene: 55433 GeneCards: COL3A1
Пов'язані генетичні захворювання
autosomal dominant type IV Ehlers-Danlos syndrome, Ehlers-Danlos syndrome, vascular-like type, Bilateral frontoparietal polymicrogyria, хвороба Пейроні
Реагує на сполуку
ocriplasmin
Онтологія гена Молекулярна функція • зв'язування з іоном металу • integrin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • platelet-derived growth factor binding • SMAD binding • extracellular matrix structural constituent • protease binding • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength Клітинна компонента • Колаген • endoplasmic reticulum lumen • міжклітинний простір • collagen type III trimer • GO:0005578 Позаклітинна матриця • extracellular region • collagen-containing extracellular matrix Біологічний процес • positive regulation of Rho protein signal transduction • skeletal system development • negative regulation of neuron migration • response to cytokine • response to mechanical stimulus • GO:0010260 старіння людини • extracellular matrix organization • platelet activation • heart development • GO:0051357, GO:0051358, GO:0051359 peptide cross-linking • negative regulation of immune response • blood vessel development • regulation of immune response • cerebral cortex development • collagen catabolic process • cellular response to amino acid stimulus • integrin-mediated signaling pathway • response to radiation • cell-matrix adhesion • digestive tract development • transforming growth factor beta receptor signaling pathway • aorta smooth muscle tissue morphogenesis • skin development • collagen fibril organization • Загоєння ран • supramolecular fiber organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1281	12825
Ensembl	ENSG00000168542	ENSMUSG00000026043
UniProt	P02461	P08121
RefSeq (мРНК)	NM_000090 NM_001376916	NM_009930
RefSeq (білок)	NP_000081	NP_034060
Локус (UCSC)	Хр. 2: 188.97 – 189.01 Mb	Хр. 1: 45.35 – 45.39 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MMSFVQKGSW		LLLALLHPTI		ILAQQEAVEG		GCSHLGQSYA		DRDVWKPEPC
QICVCDSGSV		LCDDIICDDQ		ELDCPNPEIP		FGECCAVCPQ		PPTAPTRPPN
GQGPQGPKGD		PGPPGIPGRN		GDPGIPGQPG		SPGSPGPPGI		CESCPTGPQN
YSPQYDSYDV		KSGVAVGGLA		GYPGPAGPPG		PPGPPGTSGH		PGSPGSPGYQ
GPPGEPGQAG		PSGPPGPPGA		IGPSGPAGKD		GESGRPGRPG		ERGLPGPPGI
KGPAGIPGFP		GMKGHRGFDG		RNGEKGETGA		PGLKGENGLP		GENGAPGPMG
PRGAPGERGR		PGLPGAAGAR		GNDGARGSDG		QPGPPGPPGT		AGFPGSPGAK
GEVGPAGSPG		SNGAPGQRGE		PGPQGHAGAQ		GPPGPPGING		SPGGKGEMGP
AGIPGAPGLM		GARGPPGPAG		ANGAPGLRGG		AGEPGKNGAK		GEPGPRGERG
EAGIPGVPGA		KGEDGKDGSP		GEPGANGLPG		AAGERGAPGF		RGPAGPNGIP
GEKGPAGERG		APGPAGPRGA		AGEPGRDGVP		GGPGMRGMPG		SPGGPGSDGK
PGPPGSQGES		GRPGPPGPSG		PRGQPGVMGF		PGPKGNDGAP		GKNGERGGPG
GPGPQGPPGK		NGETGPQGPP		GPTGPGGDKG		DTGPPGPQGL		QGLPGTGGPP
GENGKPGEPG		PKGDAGAPGA		PGGKGDAGAP		GERGPPGLAG		APGLRGGAGP
PGPEGGKGAA		GPPGPPGAAG		TPGLQGMPGE		RGGLGSPGPK		GDKGEPGGPG
ADGVPGKDGP		RGPTGPIGPP		GPAGQPGDKG		EGGAPGLPGI		AGPRGSPGER
GETGPPGPAG		FPGAPGQNGE		PGGKGERGAP		GEKGEGGPPG		VAGPPGGSGP
AGPPGPQGVK		GERGSPGGPG		AAGFPGARGL		PGPPGSNGNP		GPPGPSGSPG
KDGPPGPAGN		TGAPGSPGVS		GPKGDAGQPG		EKGSPGAQGP		PGAPGPLGIA
GITGARGLAG		PPGMPGPRGS		PGPQGVKGES		GKPGANGLSG		ERGPPGPQGL
PGLAGTAGEP		GRDGNPGSDG		LPGRDGSPGG		KGDRGENGSP		GAPGAPGHPG
PPGPVGPAGK		SGDRGESGPA		GPAGAPGPAG		SRGAPGPQGP		RGDKGETGER
GAAGIKGHRG		FPGNPGAPGS		PGPAGQQGAI		GSPGPAGPRG		PVGPSGPPGK
DGTSGHPGPI		GPPGPRGNRG		ERGSEGSPGH		PGQPGPPGPP		GAPGPCCGGV
GAAAIAGIGG		EKAGGFAPYY		GDEPMDFKIN		TDEIMTSLKS		VNGQIESLIS
PDGSRKNPAR		NCRDLKFCHP		ELKSGEYWVD		PNQGCKLDAI		KVFCNMETGE
TCISANPLNV		PRKHWWTDSS		AEKKHVWFGE		SMDGGFQFSY		GNPELPEDVL
DVHLAFLRLL		SSRASQNITY		HCKNSIAYMD		QASGNVKKAL		KLMGSNEGEF
KAEGNSKFTY		TVLEDGCTKH		TGEWSKTVFE		YRTRKAVRLP		IVDIAPYDIG
GPDQEFGVDV		GPVCFL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном кальцію. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

• Ala-Kokko L., Kontusaari S., Baldwin C.T., Kuivaniemi H., Prockop D.J. (1989). Structure of cDNA clones coding for the entire prepro alpha 1 (III) chain of human type III procollagen. Differences in protein structure from type I procollagen and conservation of codon preferences. Biochem. J. 260: 509—516. PMID 2764886 DOI:10.1042/bj2600509
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Benson-Chanda V., Su M.W., Weil D., Chu M.-L., Ramirez F. (1989). Cloning and analysis of the 5' portion of the human type-III procollagen gene (COL3A1). Gene. 78: 255—265. PMID 2777083 DOI:10.1016/0378-1119(89)90228-X
• Toman D., Ricca G., de Crombrugghe B. (1988). Nucleotide sequence of a cDNA coding for the amino-terminal region of human prepro alpha 1(III) collagen. Nucleic Acids Res. 16: 7201—7201. PMID 3405773 DOI:10.1093/nar/16.14.7201
• Janeczko R.A., Ramirez F. (1989). Nucleotide and amino acid sequences of the entire human alpha 1 (III) collagen. Nucleic Acids Res. 17: 6742—6742. PMID 2780304 DOI:10.1093/nar/17.16.6742
• Seyer J.M., Kang A.H. (1977). Covalent structure of collagen: amino acid sequence of cyanogen bromide peptides from the amino-terminal segment of type III collagen of human liver. Biochemistry. 16: 1158—1164. PMID 557335 DOI:10.1021/bi00625a020

Див. також

• Хромосома 2