1 червня2013 року на сайті клубу з'явилася інформація про розірвання контрактів, за обопільною згодою, між клубом та трьома футболістами: Максимом Шацьких, Артемом Старгородським та Лучіаном Бурдужаном.[2] 4 червня того ж року у Києві після жеребкування стали відомі суперники у першому крузі кожної команди прем'єр ліги — після оголошення результатів жеребкування стало відомо, що «Чорноморець» у першому турі буде грати з «Севастополем».[3]
12 червня 2013 року після відпочинку почалася підготовка до нового сезону на тренувальній базі «Чорноморця» СОК «Люстдорф».[4] 15 червня на офіційному сайті клубу з'явилася інформація про підписання контракту між Чорноморцем та колишнім півзахисником донецького«Шахтаря»Олексієм Гаєм[5]. А 20 червня клуб оголосив, що були підписані ще два контракти — з росіянином Сергієм Самодіним та колишнім півзахисноком криворізького«Кривбасу»Рінаром Валєєвим, який вже грав за склад «моряків» у 2007–2009 роках[6]. 24 червня відбувся перший за сезон товариський матч з професійним клубом — тираспольським«Шерифом» (2:2). У той же час стало відомо, що у другому кваліфікаційному раунді ліги Європи УЄФА «Чорноморець» буде грати або з албанською«Теутою», або з молдавською«Дачією»[7]. 28 червня пройшов ще один товариський матч, але тепер з українським клубом — кіровоградською«Зіркою» (1:1)[8].
1 липня між футбольними клубами «Дніпро» та «Чорноморець» відбулося підписання контрактів про обмін гравцями — півзахисник Чорноморця Сергій Політило перейшов до Дніпра, а звідти приїхав нападник Олексій Антонов[9]. 2 липня пройшов ще один товариський матч між «моряками» та ПФК «Олександрія» (0:1).[10] 4 липня на офіційному сайті клуба з'явилися інформація про те, що нападник моряків, Віталій Балашов, на правах оренди буде виступати за ужгородськуГоверлу. Контракт розраховано на один рік.[11]
Перший матч у чемпіонаті 2013—2014 років одеська команда провела з ФК «Севастополем». 14 липня команди зустрілися на стадіоні СК «СКС-Арена». На 22 хвилині зустрічі м'яч влучив у руку захисника кримчан, у результаті чого арбітр матчу, Євген Арановський, призначив пенальті, яке виконав албанський легіонер «моряків», Еліс Бакай. Матч закінчився з рахунком 1:1, а одеська команда посіла 8 місце у турнірній таблиці прем'єр ліги[12]. У ході матчу, окрім футбольного змагання, проходило також декілька сутичок між фанатами обох клубів. Все почалося з сутички ще перед матчем: за кілька хвилин до початку фанати кримського клубу накинулися на фанатів іншої команди перед входом до стадіону, у результаті чого декілька людей були побиті ще до початку спортивного протистояння. Але на цьому конфлікт не закінчилося, під час матчу з території фан-сектору ФК «Севастополь» почали лунати образливі вигуки і скандування на адресу футболістів «Чорноморця», зокрема воротаря клубу, Дмитра Безотосного, та міста Одеси. Більше того, окремі фанати «Севастополя» кидалися пластиковими склянками у гравців «Чорноморця» і облили їх прохолодним напоєм. У відповідь, не витримавши такої «гостинності», з фан-сектору ФК «Чорноморець» почали кидати пластикові стільці та пляшки з водою. У секторі гостей з'явилися бійці спецпідрозділу Беркут і влаштували розправу над гостями, застосовуючи при цьому гумові кийки. Фанати Чорноморця запевняють, що спецпідрозділ перевищив свої обов'язки, зокрема тим, що бив людей кийками, притому що на території одеського сектору знаходилися діти та жінки.[13] Почесний президент ФК «Севастополь», Вадим Новинський, коментуючи інцидент, заявив, що відповідаючи на цинічну провокацію та прояви наруги під час матчів до символіки клубу та міста будуть припинятися найрішучішим чином. Але усі сторони також вважають, що основною проблемою було те, що адміністрація стадіону не вчинила запобіжних дій, щодо мирного вирішення конфлікту, а «беркут» перевищив свої повноваження та жодним чином не намагався вирішити конфлікт тими способами, які використовуються у подібних ситуаціях.[14] 26 липня з'явилася інформація, згідно якої контрольно-дисциплінарний комітет ФФУ вирішив покарати обох винних. У результаті: «Севастопль» оштрафовано на 50 тис. грн., а «Чорноморець» на 125 тис. грн..[15]
Нова резервна форма
15 липня на офіційному сайті клубу з'явилася інформація про підписання трансферної угоди між офіційними представниками клубу та атакувальним півзахисником криворізькогоКривбасуВолодимиром Прийомовим. Угода розрахована на один рік з можливістю продовження. До цього Володимир вже грав за одеситів 2008 року, провівши 7 матчів у національному чемпіонаті.[16] Того ж дня було об'явлено про нову форму команди.
18 липня пройшов перші матчі другого кваліфікаційного раунду Ліги Європи, зокрема «Дачія» — «Чорноморець». З усіх матчів між «моряками» та «вовками» перші постійно вигравали. У ході першого тайму ворота кишинівців неодноразово підпадали під атаку, зокрема — Бакая, Антонова, Гая тощо, але жодного разу чорно-сині не змогли забити гол. На що молдовська команда відповіла декількома контратаками. Перший гол вдалося забити на першій хвилині другого тайму — Олексій Гай з передачі Павла Кутаса пробив в отвір воріт, при чому у офіційному протоколі арбітр записав у автори голу Сергія Самодіна, вважаючи, що він відкоригував політ м'яча. Другий гол і останній гол вдалося забити Олексію Антонову з кутового, що виконав виконаного Сіто Рієра на останній хвилині додаткового часу (90+3). Матч проходив на домашньому стадіоні «Чорноморця», головний арбітр — Майкл Дін (Англія)[17].
21 липня пройшов матч 2 туру прем'єр ліги «Чорноморець» — «Ворскла». У першому таймі гра була запеклою. На 13-й хвилині першого тайму «моряки» відкрили рахунок: контратаку розпочав Фонтанелло, віддавши довгу передачу на Джедже, той на Антонова, який пробив захист «біло-зелених» віддавши пас Рієрі, який закинув м'яч у ворота. Після того було ще декілька спроб серйозних забити м'яч, але марних. Другий тайм, на відміну від першого, був не на стільки видовищним. Тільки на останніх хвилинах додаткового часу другого тайму полтавецьВадим Сапай забив м'яч головою у ворота одеситів.[18] Через чотири дні відбувся другий матч другого кваліфікаційного раунду Ліги Європи: «Дачія» — «Чорноморець» 2:1. Гол забив Олексій Гай. Таким чином за сукупністю голів (3:2) одесити вийшли до третього кваліфікаційного раунду.[19] А ще через три дні відбувся матч Чемпіонату України з донецьким«Шахтарем» (0:1).[20]
Кінець літа для північночорноморської команди почався вдало. 1 серпня відбувся перший матч третього кваліфікаційного раунду Ліги Європи — «Чорноморець» проти белградської«Црвени Звезди». Моряки перемогли вдома з рахунком 3:1. М'ячі забили: у ворота сербів — Рієра, Джа Джедже та Антонов (з пенальті); в українські ворота — Савічевіч. Такий неприємний хід подій для белградських фанатів навіть спричинив сутички у гостьовому секторі, але конфлікт вдалося залагодити.[21] Наступний матч було проведено у рамках національного чемпіонату. 4 серпня на тому ж стадіоні «Чорноморець» зіграли одесити та донецький«Металург» (1:0). На 40-ій хвилині гол забив Антонов.
Леонід Клімов
Лео Матос (2/36)
Пабло Фонтанелло (1/36)
Сіто Рієра (6 
, 1 
)
Лудогорець
ПСВ
Динамо Загреб
→ Славія-Мозир
«Аріс» С
«Сарпсборг 08»