На чолі ЛУН стояв Центральний Комітет, який складався з референтів за окремими напрямками роботи. Особовий склад Центрального Комітету обирався Делегатським з'їздом, що скликався на підставі пропорційного представництва секцій.
Центр організації знаходився у м. Подєбради і гуртувався навколо Української Господарської Академії, студенти і викладачі якої становили більшу частину членства ЛУН.
Але 17-18 березня 1928 р. у м. Подєбради (Чехословаччина) відбувся Надзвичайний Делегатський з'їзд, яким було реформовано структуру ЛУН. Вищим керівним органом замість Делегатського з'їзду, стає Генеральна Рада, яка складалася з членів центральних органів ЛУН та осіб спеціально призначених самою Генеральною Радою. В той же день відбулося і перше засідання Генеральної Ради, що обрала Головою Центрального Комітету Легії Миколу Сціборського і на його пропозицію затвердила такий склад Центрального Комітету ЛУН:
