У 1969 р. захистив кандидатську дисертацію, у 1983 р. — докторську.
Наукові дослідженя професора Барана Є.Я. присвячені питанням розробки, вивчення і впровадження фізіологічно обгрунтованих принципів в реконструктивну й відновну хірургію нирок і сечовивідних шляхів, пошуку та впровадження ефективних шляхів вирішення актуальних проблем позаниркового гемодіалізу і трансплантації донорської нирки.
Є.Я.Баран створив новий напрямок у вітчизняній трансплантології — вивчення науково обґрунтованих принципів профілактики і лікування реакцій відторгнення та інших післяопераційних ускладнень при трансплантації донорської нирки, базуючись на глибокому та всебічному дослідженні інтимних механізмів її адаптації в організмі реципієнта.
Був провідним вченим серед урологів-трансплантологів в Україні, добре відомим далеко за її межами.
