Обчислювальна біологія: відмінності між версіями

[перевірена версія][перевірена версія]
Вилучено вміст Додано вміст
м вікіфікація
Виправлено джерел: 6; позначено як недійсні: 0.) #IABot (v2.0.8.6
Рядок 20:
Пакет молекулярної динаміки [[NAMD]]<sup>[en]</sup> та програмне забезпечення для візуалізації [[VMD]]<sup>[en]</sup> біофізика [[Klaus Schulten|Шультен]] використовують щонайменше 300 000 дослідників у всьому світі.
 
У 2006 з'явилася модель ікосаедричного вірусу супутника [[Вірус тютюнової мозаїки|тютюнової мозаїки]] (STMV). Вперше було створено повну модель, яка вимагала ресурсів [[National Center for Supercomputing Applications|Національного центру суперкомп'ютерних додатків]] в Урбані<ref>{{Cite web|title=Molecular Dynamics of Viruses|url=http://www.ks.uiuc.edu/Research/STMV/|website=www.ks.uiuc.edu|accessdate=2021-05-01|archive-date=21 жовтня 2021|archive-url=https://web.archive.org/web/20211021193055/http://www.ks.uiuc.edu/Research/STMV/}}</ref> (розмір: 1&nbsp;млн атомів, час моделювання: 50 нс, програма: NAMD). Моделювання забезпечило нове уявлення про механізми збірки вірусу. Вся частинка STMV складається з 60 однакових копій одного білка, з яких складається [[капсид]]и (оболонки), і 1063 нуклеотидного одноланцюгового РНК генома. Одним із ключових висновків те, що капсид дуже нестабільний, коли всередині немає РНК, тобто вірус, який виглядає симетрично на нерухомих зображеннях, насправді імпульсує та асиметричний. Капсида залежить від генетичного матеріалу в РНК-ядрі частинки і руйнується без нього. Це засвідчило, що перш ніж вірус зможе побудувати свою оболонку при розмноженні, повинен бути присутнім генетичний матеріал.
 
В 2013 році Шультен змоделював капсид [[Вірус імунодефіциту людини|ВІЛ]] (з 64 мільйонів атомів) за допомогою суперкомп'ютера Blue Waters.
 
У 2015 з'явилась модель світловідбиваючої клітини [[Хроматофори|хроматофор]] пурпурної фотосинтезуючі бактерії [[Пурпурні бактерії|Purpurbakterie]] (близько 100 мільйонів атомів)<ref>{{Cite news|title=The crystal structure of the light-harvesting complex II (B800–850) from Rhodospirillum molischianum|first=Juergen|first5=Hartmut|last4=Schulten|first4=Klaus|last3=Muenke|first3=Cornelia|last2=Hu|first2=Xiche|last=Koepke|language=English|url=https://www.cell.com/structure/abstract/S0969-2126(96)00063-9|issue=5|volume=4|pages=581–597|doi=10.1016/S0969-2126(96)00063-9|pmid=8736556|issn=0969-2126|accessdate=2021-05-01|date=1996-05-01|work=Structure|last5=Michel|archive-date=30 червня 2013|archive-url=https://web.archive.org/web/20130630131210/http://www.cell.com/structure/abstract/S0969-2126(96)00063-9}}</ref> за допомогою суперкомп'ютера [[Titan (суперкомп'ютер)|Титан]] в [[Національна лабораторія Оук-Ридж|Національній лабораторії Oak Ridge]]. У моделюванні процесів перетворення сонячного світла в хімічну енергію брали участь 100 мільйонів атомів, 16000 ліпідів і 101 білок, хоча вміст крихітної органели займає лише один відсоток від загального обсягу клітини.
 
Шультен планував більш масштабні моделювання на суперкомп'ютері [[Summit (суперкомп'ютер)|SUMMIT]].
 
У жовтні 2017 з'явився фреймворк {{не перекладено |OpenFermion Cirq |3=en|4=Cirq}}, перша платформа з відкритим кодом для перекладу проблем хімії та матеріалознавства в квантові схеми. OpenFermion&nbsp;— це бібліотека для моделювання систем взаємодіючих електронів (ферміонів), що породжують властивості речовини<ref>{{Cite web |url=https://ai.googleblog.com/2017/10/announcing-openfermion-open-source.html |title=Архівована копія |accessdate=1 травня 2021 |archive-date=29 квітня 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20210429000118/https://ai.googleblog.com/2017/10/announcing-openfermion-open-source.html }}</ref><ref>{{Cite web |url=https://www.fightaging.org/archives/2017/12/the-sens-research-foundation-comments-on-calicos-research-into-apparent-rejuvenation-in-oocytes |title=Архівована копія |accessdate=1 травня 2021 |archive-date=1 травня 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20210501050141/https://www.fightaging.org/archives/2017/12/the-sens-research-foundation-comments-on-calicos-research-into-apparent-rejuvenation-in-oocytes }}</ref>. До OpenFermion розробникам квантових алгоритмів потрібно було вивчити значну кількість хімії та написати велику кількість коду, щоб зламати інші коди, щоб скласти навіть найосновніші квантові симуляції.
 
== Див. також ==
Рядок 45:
 
== Посилання ==
* [http://www.pharmencyclopedia.com.ua/article/3361/informacijna-biologiya ІНФОРМАЦІЙНА БІОЛОГІЯ] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160314081502/http://www.pharmencyclopedia.com.ua/article/3361/informacijna-biologiya |date=14 березня 2016 }} //[[Фармацевтична енциклопедія]]
* {{ref-en}} [http://journals.plos.org/ploscompbiol/ PLOS Computational biology] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20150612205559/http://journals.plos.org/ploscompbiol/ |date=12 червня 2015 }}&nbsp;— науковий журнал з обчислювальної біології некомерційної організації PLOS (Public Library of Science). Ліцензія [[Ліцензія Creative Commons|Creative Commons Attribution]] (CC-BY).
 
{{Розділи Біології}}