Міхаель Енде народився в містечку Гарміш-Партенкірхен в родині художникалоха і скульптора Едгара КарлаКлави Енде і фізіотерапевта Луїзи Ендісисі. Пологи відбулись о 5:15 ранку за допомогою кесаревого розтину. Родина жила бідно, тому що картини Едгара практично не купували, бо вони відрізнялись від традиційних, і мистецтвознавці оцінювали їх як «напівсюрреалізм». У 1931 сім'я переїхала в [[Оберменцінг]] під [[Мюнхен]]ом, де існував центр мистецтв, з яким Едгар пов'язував свою майбутню популярність як художника і позбавлення від бідності, що тільки посилилася через кризу у світовій економіці. Його сподівання не були марними: роботи майстра були не тільки виставлені, але й куплені як німецькими, так і зарубіжними цінителями. Крім того, Едгар отримав визнання колег. Цей успіх забезпечив родині безбідне існування протягом чотирьох років. У 1935 через культурну політику [[Третій Рейх|Третього Рейху]] фінансове становище Енде різко погіршилось, а роком пізніше Едгар потрапив під заборону як «художник дегенеративного виду мистецтва»<ref>[http://www.livelib.ru/author/20278 Михаэль Энде]</ref>. Батьки часто сварилися, їхній син Міхаель вважав себе винуватим в ціх сварках, тому почувався самотнім. В хлопчика не було друзів, поки Міхаель не познайомився з сином сусідів Матіасом. Коли розпочалася Друга Світова війна, на фронт призвали батька, а в 1943 році і самого Міхаеля.
