Сфера наукових інтересів охоплює виборче право, [[адміністративне судочинство]], практику Європейського суду з прав людини, захист прав корінних народів, рівність у праві тощо.
Дисертація М. В. Афанасьєвої на тему: "«Виборча інженерія в Україні: теоретико-методологічні засади та конституційно-правове забезпечення"» стала першим вітчизняним монографічним конституційно-правовим дослідженням виборчої інженерії в Україні, спрямованим на визначення теоретико-методологічних засад зазначеного феномену, удосконалення його конституційно-правового забезпечення шляхом внесення науково обґрунтованих пропозицій та формулювання нових правових конструкцій. У ній було вперше запропоновано визначення виборчої інженерії як цілеспрямованої, раціональної, науково та прагматично обґрунтованої діяльності з конституційно-правового конструювання виборчої системи та технологій виборчого процесу з метою отримання заданого політико-правового результату. Уперше визначено гносеологічні витоки виборчої інженерії, теоретико-методологічні напрями, завдяки яким сформувалася її науково-практична парадигма, та розкрито сутність виборчої інженерії як складної конституційно-правової діяльності та представлено її структуру, визначено та розкрито технологію виборчої інженерії, яку утворюють телеологічна, конструктивна, прогностична та результативна складові<ref name="Автореферат дисертації"></ref>.
Також було вперше обґрунтовано застосування соціоінженерного підходу до пізнання та перетворення політико-правової сфери та запропоновано телеологічний та технологічний критерії оцінки ефективності виборчого законодавства та його впливу на політико-правову дійсність<ref name="Автореферат дисертації"></ref>.
Рядок 98:
Результати і матеріали дослідження впроваджено:
# у нормопроектну діяльність шляхом розробки та подання дисертантом на розгляд як члена Конституційної асамблеї пропозицій з удосконалення положень Розділу ІІІ «Вибори. Референдум» Конституції України;
# у правозастосовну діяльність під час виконання повноважень заступника голови окружної виборчої комісії на чергових виборах народних депутатів України 2012 р. та позачергових парламентських виборах 2014 р. (довідка про апробацію результатів дослідження у виборчому процесі від 05.11.2012 р. №417№ 417; акт впровадження результатів дослідження у виборчий процес від 12.11.2014 р. № 548)<ref name="Автореферат дисертації">[http://dspace.onua.edu.ua/bitstream/handle/11300/750/%d0%90%d1%84%d0%b0%d0%bd%d0%b0%d1%81%d1%8c%d0%b5%d0%b2%d0%b0%20%d0%b0%d0%b2%d1%82%d0%be%d1%80%d0%b5%d1%84%d0%b5%d1%80%d0%b0%d1%82.pdf?sequence=1&isAllowed=y Автореферат дисертації]</ref>.
Також М. В. Афанасьєва запропонувала єдиний методологічний підхід кваліфікаційного оцінювання суддів (кандидатів на посаду судді), згідно з яким рекомендовано:
