Транспозон: відмінності між версіями
[перевірена версія] | [перевірена версія] |
Вилучено вміст Додано вміст
Виправлено джерел: 1; позначено як недійсні: 0. #IABot (v2.0beta15) |
м Бот: Косметичні зміни |
||
Рядок 1:
[[Файл:DNA transposition.gif|
'''Транспозони''' ({{lang-en|transposable element, transposon}}) — це ділянки ДНК організмів, що здатні до пересування (транспозиції) та розмноження в межах [[
Транспозони формально належать до так званої [[Некодуюча ДНК|некодуючої частини геному]] — тієї, що в [[Нуклеотидна послідовність|послідовності пар основ ДНК]] не несе інформацію про [[Амінокислота|амінокислотні]] [[Генетичний код|послідовності]] [[Білки|білків]], хоча деякі класи мобільних елементів містять у своїй послідовності інформацію про ферменти, що [[Трансляція (біологія)|транскрибуються]] та каталізують пересування, наприклад, ДНК-транспозони та LINE-1 кодують білки транспозазу, ORF1p й ORF2p. У різних видів транспозони розповсюджені різною мірою, так у людини транспозони складають до 45% всієї послідовності ДНК, у плодової мухи ''[[Дрозофіла чорночерева|Drosophila melanogaster]]'' частина мобільних елементів становить лише 15-20% усього геному<ref name="PerratDasGupta2013">{{cite journal|author=Perrat P. N., DasGupta S., Wang J. et al. |title=Transposition-Driven Genomic Heterogeneity in the Drosophila Brain|journal=Science|volume=340|issue=6128|year=2013|pages=91–95|issn=0036-8075|doi=10.1126/science.1231965 | pmid = 23559253}}</ref>. У рослин транспозони можуть займати основну частину геному, так у [[Кукурудза|кукурудзи]] (''Zea mays'') з розміром геному у 2,3 мільярдів [[Пара основ|пар основ]] принаймні 85% складають різні мобільні елементи<ref name="Maize g">{{Cite journal | author = Patrick S. Schnable, Doreen Ware, Robert S. Fulton, et al | title = The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics | journal = Science | volume = 326 | issue = 5956 | pages = 1112–1115 | year = 2009 | doi = 10.1126/science.1178534 | pmid = 19965430 }}</ref>.
== Історія відкриття ==
[[Барбара Мак-Клінток|Барбара МакКлінток]] ({{lang-en|Barbara McClintock}}) досліджувала варіації забарвлення зерна та листя кукурудзи, та [[1948]] року шляхом [[Клітинна біологія|цитологічних]] та [[Генетика|генетичних]] досліджень дійшла висновку, що мобільні ділянки ДНК, ''Ac/Ds''-елементи, призводять до соматичного [[
Хоча транспозони були відкриті в 1940-х роках, лише через півстоліття стало зрозуміло, наскільки масштабним є їхній внесок у геном організмів. Так, отримання першої нуклеотидної послідовності ([[Секвенування ДНК|секвенування]]) геному людини довело, що мобільних елементів у послідовності ДНК не менше 50%. Точну оцінку отримати важко, адже деякі транспозонні ділянки з часом настільки змінилися, що їх не можна впевнено ідентифікувати<ref name="LanderLinton2001">{{cite journal|author=Lander Eric S., Linton Lauren M., Birren Bruce. |title=Initial sequencing and analysis of the human genome|journal=Nature|volume=409|issue=6822|year=2001|pages=860–921|issn=0028-0836|doi=10.1038/35057062}}</ref>.
Оскільки транспозони потенційно здатні спричиняти шкідливі [[Мутація|мутації]] та поломки хроматину, з початку відкриття мобільних елементів вважалося, що їхня дія зводиться до геномно-паразитичної. Але на початку XXI сторіччя з'являється все більше даних про можливі сприятливі ефекти транспозонів для організмів<ref name="SingerMcConnell2010"
== Типи транспозонів та механізми їх пересування ==
[[Файл:Transposons in human genome.png|
Мобільні генетичні елементи належать до повторювальних елементів геному — тих, що мають декілька копій у послідовності ДНК клітини. Повторювальні елементи геному можуть розташовуватися в тандемі ([[
Мобільні генетичні елементи за типом транспозиції можна поділити на два класи: ДНК-транспозони, які застосовують метод «вирізати й вставити», та ретротранспозони, пересування яких має в своєму алгоритмі синтез [[РНК]] з [[Дезоксирибонуклеїнова кислота|ДНК]] та подальшим [[Зворотна транскриптаза|зворотнім синтезом]] ДНК з молекули РНК, тобто, метод «копіювати й вставити».
Рядок 21:
=== ДНК-транспозони ===
[[Файл:Transposons - L1 and DNA.png|
ДНК-транспозони пересуваються по геному шляхом «вирізати та вставити» завдяки комплексу [[Ферменти|ферментів]] із назвою [[
На кінцях ділянок ДНК-транспозону розташовані [[
До ДНК-транспозонів належать ''Ac/Ds''-елементи рослин, які були вперше відкриті Барбарою МакКлінток у кукурудзі. ''Ac''-елемент ({{lang-en|Activator}}) є автономним і кодує транспозазу. Є декілька типів ''Ds''-елементів, які здатні до формування розривів хромосом і які переміщуються по геному завдяки ''Ac''-елементам<ref>{{Cite journal | author = Chunguang Du, Andrew Hoffman, Limei He, Jason Caronna & Hugo K. Dooner | title = The complete Ac/Ds transposon family of maize | journal = BMC genomics | volume = 12 | pages = 588 | year = 2011 | doi = 10.1186/1471-2164-12-588 | pmid = 22132901}}</ref>.
'''Хелітрони''' ({{lang-en|Helitron}}) — тип транспозонів, що є у рослин, тварин та грибів, але який широко представлений в геномі кукурудзи, де він, на відміну від інших організмів, знаходяться в частинах ДНК, що багаті на гени<ref name="Maize g"
Хелітрони під час транспозиції можуть захоплювати сусідні послідовності.
Рядок 38:
Активні ретротранспозони ссавців поділяються на три основні родини: Alu-повтори, LINE-1, SVA.
[[Файл:LINE retrotransposon.png|
'''Ретротранспозони LINE-1''' — LINE-1, L1 ({{lang-en|Long INterspersed Elements}}), довгі дисперговані повтори — тип ретротранспозонів, що широко розповсюджений у ссавців і складає до 20% геному. L1-елементи мають довжину близько 6 тисяч пар основ<ref name="SingerMcConnell2010"
Процес пересування починається зі зчитування молекули РНК з елемента L1. РНК транспортується до [[Цитоплазма|цитоплазми]], де з неї транслюються білки ORF1p (що є [[РНК-зв'язуючий білок|РНК-зв'язуючим білком]]) та ORF2p (що має [[Ендонуклеази|ендонуклеазну]] та [[Зворотна транскриптаза|зворотньо-транскриптазну]] активність). ORF1p, ORF2p та РНК транспозону формують [[
Більшість випадків вставляння L1-елементів відбувається не до кінця, і такі копії більше не здатні до самостійної мобілізації<ref name="SingerMcConnell2010"
Існують відомості про неканонічні функції L1-елементів під час [[Інактивація X-хромосоми|інактивації X-хромосоми]]<ref name=":0">{{cite journal|author=Melamed Esther, Arnold Arthur P. |title=The role of LINEs and CpG islands in dosage compensation on the chicken Z chromosome|journal=Chromosome Research|volume=17|issue=6|year=2009|pages=727–736|issn=0967-3849|doi=10.1007/s10577-009-9068-4}}</ref>.
'''LTR''' — довгі кінцеві повтори ({{lang-en|Long Terminal Repeat}}) — ретротранспозони, що мають кінцеві повторювальні послідовності, які відіграють важливу роль у транскрипції та зворотній транскрипції РНК транспозону<ref name="LevinMoran2011"
'''SINE''' — короткі дисперговані елементи ({{lang-en|Short INterspersed Elements}}) — є неавтономними ретротранспозонами: для пересування вони потребують активності L1-елементів. У ДНК-послідовності SINE містять лише сайт зв'язування РНК-полімерази<ref name="LevinMoran2011"/>. До SINE належать Alu-ретротранспозони.
[[Файл:Alu retrotransposon.png|
'''Alu-елементи''' — широко розповсюджені в геномі людини мобільні елементи<ref>{{cite journal|author=Stower Hannah. |title=Alternative splicing: Regulating Alu element 'exonization'|journal=Nature Reviews Genetics|volume=14|issue=3|year=2013|pages=152–153|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg3428}}</ref>. Alu-елементи мають довжину ~300 пар основ і часто розташовані в [[
В Alu-елементах відбувається до 90% всіх випадків [[
'''SVA''' ({{lang-en|SINE-R–VNTR–Alu}}) — мобільні елементи довжиною у 2-3 тисячі пар основ ДНК, що складаються з декількох частин: коротких розкиданих елементів (SINE), змінної кількості тандемних повторів ({{lang-en|variable number of tandem repeat, VNTR}}), Alu-послідовності<ref>{{cite journal|author=Varki Ajit, Geschwind Daniel H., Eichler Evan E. |title=Human uniqueness: genome interactions with environment, behaviour and culture|journal=Nature Reviews Genetics|volume=9|issue=10|year=2008|pages=749–763|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg2428}}</ref> та CT-багатого повтору, з послідовністю CCCTCT, що зустрічається частіше за все і має назву гексамер (Hex)<ref name="HancksMandal2012">{{cite journal|author=Hancks D. C., Mandal P. K., Cheung L. E. et al. |title=The Minimal Active Human SVA Retrotransposon Requires Only the 5'-Hexamer and Alu-Like Domains|journal=Molecular and Cellular Biology|volume=32|issue=22|year=2012|pages=4718–4726|issn=0270-7306|doi=10.1128/MCB.00860-12}}</ref>. Довжина SVA-елементів значно варіює через різну кількість складових повторів<ref name="HancksMandal2012"
== Механізми блокування транспозонів ==
[[Файл:Fgene-03-00132-g002 1.jpg|
Мобільні елементи геному досить широко представлені в рослинних та тваринних геномах. Їх висока активність є ризиком для стабільності геному, тому їх [[Експресія генів|експресія]] жорстко регулюється, особливо в тих тканинах, які беруть участь у [[Гаметогенез|формуванні]] [[Гамета|гамет]] та передачі спадкової інформації нащадкам. У рослин і тварин регуляція активності мобільних елементів геному відбувається шляхом [[Метилювання ДНК|метилювання послідовності ДНК]] ''de novo'' та активності [[Некодуючі РНК|некодуючих РНК]] разом із [[Білковий комплекс|білковими комплексами]] [[Аргонавт (білок)|Аргонавт]]<ref>{{cite journal|author=Law Julie A., Jacobsen Steven E. |title=Establishing, maintaining and modifying DNA methylation patterns in plants and animals|journal=Nature Reviews Genetics|volume=11|issue=3|year=2010|pages=204–220|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg2719}}</ref>.
Основна роль малих некодуючих РНК, що взаємодіють з ПІВІ-комплексом, або [[піРНК]] ({{lang-en|piRNA, PIWI-interacting RNA}}), полягає в заглушенні мобільних елементів геному в зародкових тканинах. Ця роль піРНК досить високо консервативна серед тварин<ref name="SiomiSato2011">{{cite journal|author=Siomi Mikiko C., Sato Kaoru, Pezic Dubravka et al. |title=PIWI-interacting small RNAs: the vanguard of genome defence|journal=Nature Reviews Molecular Cell Biology|volume=12|issue=4|year=2011|pages=246–258|issn=1471-0072|doi=10.1038/nrm3089}}</ref>.
У мишей мобільні елементи геному впродовж [[
Механізм піРНК-індукованого заглушення транспозонів остаточно не з'ясовано, але схематично його можна подати такою моделлю<ref>{{cite journal|author=Luteijn Maartje J., Ketting René F. |title=PIWI-interacting RNAs: from generation to transgenerational epigenetics|journal=Nature Reviews Genetics|volume=14|issue=8|year=2013|pages=523–534|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg3495}}</ref>:
Рядок 71:
* первинне накопичення одноланцюгових молекул РНК, піРНК-прекурсорів;
* дозрівання піРНК та їх ампліфікація за допомогою PIWI-білків (пінг-понг-цикл);
* заглушення цільового транспозону, що може відбуватися декількома шляхами: [[деградація РНК]] (за допомогою [[Рибонуклеаза|РНКазної]] активності H-подібного домену білків-аргонавтів), заглушення трансляції та залучення [[
На відміну від вірусів, які використовують організм хазяїна для розмноження і здатні його залишити, мобільні генетичні елементи існують виключно в організмі хазяїна. Тому до певної міри транспозони здатні регулювати власну активність. Прикладом цього є ДНК-транспозони ''Ac'' — автономні мобільні елементи рослин, що кодують власну транспозазу. ''Ac''-елементи виявляють здатність знижувати активність транспозази при збільшенні її копій<ref name="Damon Lisch">{{Cite journal | author = Damon Lisch | title = Regulation of transposable elements in maize | journal = Current opinion in plant biology | volume = 15 | issue = 5 | pages = 511–516 | year = 2012 | doi = 10.1016/j.pbi.2012.07.001 | pmid = 22824142}}</ref>.
Також заглушення рослинних автономних ДНК-транспозонів ''MuDR'' може відбуватися за допомогою ''Muk''. ''Muk'' є варіантом ''MuDR'' і має в своїй послідовності декілька [[
== Хвороби ==
Станом на 2012 рік задокументовано 96 різних захворювань людини, причиною яких є вбудовування ''de novo'' мобільних генетичних елементів<ref name="HancksKazazian2012"
Якщо транспозиція, що спричиняє захворювання, відбувається в гаметах, то наступні покоління успадковують хворобу. Так [[
== Еволюційна роль транспозонів ==
Деякі етапи [[Еволюція|еволюціонування]] організмів були спричинені активністю мобільних елементів геному. Вже перша нуклеотидна послідовність геному людини довела, що багато генів є похідними транспозонів<ref name="LanderLinton2001"
Промоторні ділянки деяких генів ссавців походять від транспозонів. Цікавим є те, що велика кількість таких генів активна у ембріональний період. Деякі гени в рослин також можуть мати промотори які походять від транспозонів.<ref name="Regulatory activities of transposable elements">{{Cite news|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27867194|title=Regulatory activities of transposable elements: from conflicts to benefits|last=Chuong|first=Edward B.|last2=Elde|first2=Nels C.|last3=Feschotte|first3=Cédric|date=02 2017|pages=71–86|work=Nature Reviews. Genetics|volume=18|doi=10.1038/nrg.2016.139|issn=1471-0064|pmid=27867194|issue=2|}}</ref>
[[Реплікація ДНК|Реплікація]] транспозонів може спричинити деякі захворювання, але, незважаючи на це, у процесі еволюції транспозони не зникли й залишилися в ДНК-послідовностях майже всіх організмів або у вигляді цілих копій, що мали можливість пересуватися по ДНК, або у вкороченому вигляді, втративши здатність до пересування. Але вкорочені копії також можуть брати участь у таких процесах як [[
Також еволюційна роль транспозонів може полягати у поширенні регуляторних ділянок ДНК, таких як сайти зв'язування з транскрипційними факторами, по геному, це було показано на геномі ссавців за допомогою методики {{нп|ChIP-seq|||ChIP-sequencing}}.<ref name="Regulatory activities of transposable elements"/>
Ще одним можливим механізмом еволюції геномів організмів є [[
=== Приклади еволюційної ролі мобільних генетичних елементів ===
Вважається, що [[Набутий імунітет|набутий]] [[Імунна система|імунітет]] ссавців виник у [[Щелепні|щелепних]] [[Риби|риб]] приблизно 500 мільйонів років тому<ref name="FlajnikKasahara2009">{{cite journal|author=Flajnik Martin F., Kasahara Masanori. |title=Origin and evolution of the adaptive immune system: genetic events and selective pressures|journal=Nature Reviews Genetics|volume=11|issue=1|year=2009|pages=47–59|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg2703}}</ref>. Набутий імунітет дозволяє формувати [[Антитіло|антитіла]] для багатьох видів [[
[[Нейрон]]и, клітини [[Нервова система|нервової системи]], можуть мати мозаїчний геном, тобто послідовність ДНК у них відрізняється від послідовності ДНК інших клітин, хоча всі вони сформувалися з однієї клітини-попередника — [[Зигота|зиготи]]. Доведено, що в щурів спеціально вставлені L1-ретротранспозони людини активні навіть у зрілому віці. Також зафіксовано збільшення копій L1-ретротранспозонів у нейронах деяких ділянок мозку, зокрема [[
Послідовності ДНК генів теломерази та LINE-1-ретротранспозонів мають високу гомологію, що свідчить про можливість походження теломераз від ретротранспозонів<ref name="Syvolob" />.
У рослин дуже велика швидкість еволюції геномів, тому найкраще відомі ті впливи мобільних елементів, що виникли внаслідок [[
== Використання транспозонів ==
Рядок 109:
=== Генна інженерія ===
Оскільки мобільні елементи геному здатні до вбудовування в хроматин, вони використовуються в генній інженерії для спеціального й контрольованого вставляння генів чи ділянок ДНК, які вивчають науковці. Транспозони використовуються для [[
Найбільш відома система для введеного мутагенезу ''in vivo'' — P-мобільний елемент мухи ''[[Drosophila melanogaster|D. melanogaster]]'', за допомогою якого можна вивчати функції генів, налагодження хромосомних аберацій тощо<ref name="CarlsonLargaespada2005">{{cite journal|author=Carlson Corey M., Largaespada David A. |title=Insertional mutagenesis in mice: new perspectives and tools|journal=Nature Reviews Genetics|volume=6|issue=7|year=2005|pages=568–580|issn=1471-0056|doi=10.1038/nrg1638}}</ref>.
У хребетних тварин довгий час не було ефективної методики транспозонної модифікації геному. Зараз є система мобільного елемента Tol2, що отримана з японської риби ''[[Медака японська|Oryzias latipes]]'', і використовується як у мишей, так і на [[Культура клітин|клітинних лініях]] людини<ref name="CarlsonLargaespada2005"
Система транспозонів ''Спляча Красуня'' ({{lang-en|Sleeping Beauty}}) була створена на основі послідовності ДНК транспозази з риби. Вдале використанні цієї системи на мишах дозволило визначити кандидатів у [[
=== Філогенетика ===
Рядок 140:
{{Повторювальні ділянки ДНК|state=expanded}}
{{Експресія генів|state=collapsed}}
{{медаль|з біології}}
|