В 1929 році обраний дійсним членом (академіком) [[Академія наук УРСР|Всеукраїнської Академії наук (ВУАН)]]
Діяльність Слабченка була обірвана ву кінцісічні 19291930 року, коли його було заарештовано, засуджено на процесі СВУ"Спілки увизволення України" 19 квітня 1930 роціроку. До 1933 року знаходився в Ярославському політізоляторі, а потім йбув засланозасланий на [[Соловецькі острови|Соловки]]. Термін ув'язнення відбував в [[Саватіївський ізолятор|Саватіївському ізоляторі]], який знаходився у скиті й церкві святого Саватія на Великому Соловецькому острові.
По закінченню терміну ув'язнення деякийз січня 1936 року час працював бухгалтером тресту «Апатит» (Кіровськ Ленінградської області), проте незабаром переїхав у [[Первомайськ (Миколаївська область)|Первомайськ]] [[Одеська область|Одеської]] (нині [[Миколаївська область|Миколаївської області]]), де мешкав його син з невісткою і онуком.
На початку жовтня [[1937]] року сина Тараса заарештовано і 28 жовтня того ж року розстріляно. Самого Михайла Слабченка ще на 10 років позбавили волі.
