Зазвичай менінгіт виникає внаслідок [[інфікування]] [[мікроорганізмамимікроорганізм]]ами. Більшість інфекцій виникають через віруси<ref name=Attia/>; [[бактерії]], [[Гриби#Патогенні гриби|грибки]] та [[найпростіші]] є наступною за поширеністю причиною.<ref name=Ginsberg/>Також він може виникнути через різноманітні неінфекційні причини.<ref name=Ginsberg/> Термін ''[[асептичний менінгіт]]'' стосується випадків менінгіту, де немає жодних ознак бактеріальної інфекції. Зазвичай такий тип менінгіту спричиняють віруси, але причиною може бути бактеріальна інфекція, яку вже частково вилікували, коли бактерія зникає з м'яких мозкових оболонок або патогени інфікують зони, прилеглі до них (наприклад, [[синусит]]). [[Ендокардит]] (бактеріальне ураження клапанів серця, що поширює невеликі кластери бактерій у кровоносному руслі) може спричинити асептичний менінгіт. Асептичний менінгіт також може бути спричинений інфекцією зі [[спірохети|спірохетами]], типом бактерій, що включає ''[[Treponema pallidum]]'' (що спричинює [[сифіліс]]) та ''[[Borrelia burgdorferi]]'' (спричинює [[Хвороба Лайма|хворобу Лайма]]). Менінгіт може зустрічатися при амебному ураженні, які спричинює зокрема ''[[Naegleria fowleri]]'', що потрапляють до організму з водойм.<ref name=Ginsberg/>
