Науки про життя процвітає з онтологіями, які біологи використовують для визначення змісту своїх експериментів. Для виведення правильних висновків з експериментів, онтології повинні бути структуровані оптимально базам знань, які вони представляють. Структура онтології повинна постійно змінюватися так, щоб створити точне представлення {{нп|Domain model|моделі предметної області|en|Domain model}}.
Останнім часом автоматизований метод онтологічного інжинірингу був введений в науках про життя, наприклад {{нп|[[Gene Ontology|генні онтології|en|Gene Ontology}}]] (ГО),<ref>{{cite journal |pmid=20139945 |year=2010 |last1=Alterovitz |first1=G |last2=Xiang |first2=M |last3=Hill |first3=DP |last4=Lomax |first4=J |last5=Liu |first5=J |last6=Cherkassky |first6=M |last7=Dreyfuss |first7=J |last8=Mungall |first8=C |last9=Harris |first9=MA |title=Ontology engineering |volume=28 |issue=2 |pages=128–30 |doi=10.1038/nbt0210-128 |journal=Nature biotechnology}}</ref> одна з найбільш успішних і широко використовуваних біомедичних онтологій.<ref>{{cite journal |url=http://www.geneontology.org/GO_nature_genetics_2000.pdf |doi=10.1038/75556 |year=2000 |last1=Botstein |first1=David |last2=Cherry |first2=J. Michael |last3=Ashburner |first3=Michael |last4=Ball |first4=Catherine A. |last5=Blake |first5=Judith A. |last6=Butler |first6=Heather |last7=Davis |first7=Allan P. |last8=Dolinski |first8=Kara |last9=Dwight |first9=Selina S. |journal=Nature Genetics |volume=25 |pages=25–9 |pmid=10802651 |title=Gene ontology: Tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium |issue=1 |pmc=3037419}}</ref> Базуючись на теорії інформації, вона перебудовує онтології, так що рівні являють собою бажану специфіку концепцій. Аналогічні підходи таорії інформації також були використані для оптимального розбиття генної онтології.<ref>{{cite journal |doi=10.1093/nar/gkl799 |title=GO PaD: The Gene Ontology Partition Database |year=2007 |last1=Alterovitz |first1=G. |last2=Xiang |first2=M. |last3=Mohan |first3=M. |last4=Ramoni |first4=M. F. |journal=Nucleic Acids Research |volume=35 |pages=D322–7 |pmid=17098937 |issue=Database issue |pmc=1669720}}</ref> Враховуючи математичну природу таких інженерних [[Алгоритм|алгоритмів]], ці оптимізації можуть бути автоматизовані для розробки науково-теоретичної та масштабованої архітектури для перебудови онтологій, наприклад таких як ГО.
'''{{нп|Open Biomedical Ontologies|Open Biomedical Ontologies|en|Open Biomedical Ontologies}}''' (OBO), в 2006 з ініціативи Національного центру США Біомедичних Онтологій, що забезпечує загальну 'основу' для різних онтологічних ініціатив, серед яких:
* {{нп|Generic Model Organism Database|Generic Model Organism Project|en|Generic Model Organism Database}} (GMOD)
