У вересні 2011 року був призначений настоятелем Монастиря Святої Трійці на острові Халкі. Як припускають, митропрлит Елпідофора повинен буде в подальшому очолити також управління семінарією та інститутом православного богослов'я Константинопольського Патріархату, відновити які обіцяє влада Туреччини<ref>[http://www.sedmitza.ru/text/2439908.html Митрополит Бурсы Элпидифор (Ламбринидис) назначен игуменом монастыря Святой Троицы на острове Халки]</ref>.
У січні 2014 року офіційний сайт Вселенського патріархату опублікував за його підписом відповідь на прийнятий у грудні 2013 року [[Священний синод Російської православної церкви|Синодом РуськоїРосійської церкви]] документ «Позиція Московського Патріархату щодо питання про першість у Вселенській Церкві»<ref name="Register 157">{{Cite web|url=http://www.patriarchia.ru/db/text/3478892.html|title=ЖУРНАЛЫ заседания Священного Синода от 25-26 декабря 2013 года. ЖУРНАЛ № 157|date=26 декабря 2013 года|publisher=[[Русская православная церковь]]|format=Официальный сайт|accessdate=2014-03-26|quote=Слушали: Доклад Преосвященного митрополита Волоколамского Илариона, председателя Отдела внешних церковных связей, председателя Синодальной библейско-богословской комиссии, о подготовке документа «Позиция Московского Патриархата по вопросу о первенстве во Вселенской Церкви»}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.patriarchia.ru/db/text/3481089.html|title=Позиция Московского Патриархата по вопросу о первенстве во Вселенской Церкви|date=26 декабря 2013 года|publisher=[[Русская православная церковь]]|format=Официальный сайт|accessdate=2014-03-26|quote=Изучив Равеннский документ, Русская Православная Церковь не согласилась с ним в той части, где речь идет о соборности и примате на уровне Вселенской Церкви. Поскольку в Равеннском документе различаются три уровня церковной администрации — местный, региональный и вселенский — в нижеследующей позиции Московского Патриархата по вопросу о первенстве во Вселенской Церкви эта тема также рассматривается на трех уровнях}}</ref> — «Перший без рівних. Відповідь на „Позицію Московського Патріархату з проблеми першості у Вселенській Церкві“», який піддав критиці ряд тверджень документа [[Російська православна церква|РПЦ]]<ref>{{Цитата:Новини|url=http://history-mda.ru/publ/pervyiy-bez-ravnyih-otvet-na-dokument-o-pervenstve-v-tserkvi-prinyatyiy-na-zasedanii-svyashhennogo-sinoda-russkoy-pravoslavnoy-tserkvi_3650.html|title=Первый без равных. Ответ на «Позицию Московского Патриархата по проблеме первенства во Вселенской Церкви»|last=Митрополит Елпидифор|date=14.01.2014|format=Текстовый документ|work=[http://www.ec-patr.org/arxeio/elp2014-01-en.pdf оригинальный текст (англ)]|accessdate=2014-03-26|quote=<…> обозначенное отделение экклезиологии от богословия (или христологии) может иметь неблагоприятные последствия для обеих. Если Церковь в самом деле есть Тело Христово и откровение о жизни Троицы, то мы не можем говорить о различиях и искусственных отличительных признаках, которые разрушают таинство единства Церкви, которая совмещает богословские (в узком смысле слова) и христологические формулировки. <…> Когда синодальный документ Русской Церкви отказывается принять „вселенского иерарха“ под предлогом, что вселенскость такого иерарха „упраздняет сакраментальное равенство епископата“, то это всего лишь выражение софизма. <…> в последнее время, мы можем увидеть новую форму „первенства“, а именно „первенство численности“, которое те, кто сегодня критикуют каноническое вселенское первенство Матери-Церкви, догматизируют в качестве ранга неизвестного церковной традиции, но скорее основывающегося на принципе „ubi russicus ibi ecclesia russicae“, т. е. „где русский, там и юрисдикция Русской Церкви“}}</ref>.
