Територія міста була заснованезаселена близькопонад 3000 років тому. Зокрема в [[Кумбе-Майо]] і [[Кунтур-Васі]] були знайдені сліди [[Чавін (культура)|до-чавінських]] культур, таких як [[Кахамарка (культура)|культура Кахамарка]]. У період між [[1463]] і [[1471]] роками ці території завоював енергійний полководець інків [[Тупак Інка Юпанкі]], приєднавши Кахамарку до Тауантінсую або (Імперії Інків).
В першу чергу Кахамарка займає місце в історії у зв'язку з подіями [[1532]] року. Того року інкський принц [[Атауальпа]] переміг свого брата [[Уаскар]]а в битві за трон імперії. По дорозі до [[Куско]] він зупинився в Кахамарці з 80-тисячним військом; тут він зустрівся із загоном зііз 168 [[конкістадор]]ів на чолі з [[Франсиско Пісарро]], який рухався з [[Піура|Піури]]. [[Ернандо де Сото (конкістадор)|Ернандо де Сото]] і [[Вісенте де Вальверде]] вручили Атауальпі ультиматум з вимогою признати верховну владу Іспанії (так зване «[[Рекверімьєнто]]»), але Атауальпа відповів категоричною відмовою. Це дало підставу Піcарро оголосити інків ворогами Іспанії і Церкви. У [[Битва при Кахамарці|битві при Кахамарці]] конкістадори захопили в полон Атауальпу, убивши при цьому кілька тисяч інкських воїнів і мирних жителів. Проте після битви виявилось, що і кількість конкістадорів значно зменшилася, тому вони сховалися в головному храмі міста разом з імператором інків, вимагаючи за нього [[викуп]]. Атауальпа запропонував Пісарро заповнити приміщення, в якому його тримали в ланцюгах, до стелі золотом, і таким чином виміняти своє життя. Проте, отримавши скарби, конкістадори не стримали слова і убиливбили його.
Приміщення, в якому тримали Атауальпу, отримало назву «[[Кімната викупу|Кімнати викупу]]» ({{lang-es|El Cuarto del Rescate}}). В даний час воно є одним з самих відвідуванихпопклярних туристамисеред туристів місць в Кахамарці.
У [[1986]] році [[Організація Американських Держав]] оголосила Кахамарку історичною і культурною спадщиною Америки.
