Зустрічався до березня 2014 з італійською моделлю і актрисою румунського походження Мадаліною Гені.
НаАктор данийпочав момент зустрічаєтьсязустрічатися зі своєю колегою по фільму «<nowiki/>[[Світло між двох океанів (фільм)|Світло між двох океанів]]<nowiki/>» [[Алісія Вікандер|Алісією Вікандер]]<ref>{{Cite news|url=http://www.independent.ie/style/celebrity/celebrity-news/michael-fassbender-gushes-about-girlfriend-alicia-vikander-she-gives-great-performances-31599691.html?utm_source=dlvr.it&utm_medium=twitter|title=Michael Fassbender gushes about girlfriend Alicia Vikander: 'She gives great performances' - Independent.ie|language=en|work=Independent.ie|accessdate=2017-01-28}}</ref>. Пара побралася у жовтня 2017<ref>{{cite news |title=Michael Fassbender and Alicia Vikander Are Married |author=Meg Swertlow |url=http://www.eonline.com/news/883456/michael-fassbender-and-alicia-vikander-are-married |newspaper=E! Online |date=16 жовтня 2017 |accessdate=4 грудня 2017}}</ref>.
