Консорціум UniProt утворюють Європейський Інститут Біоінформатики (ЕВІ), Швейцарський Інститут Біоіформатики (SIB) та Ресурс Інформації про Протеїни (PIR). EBI містить різноманітні сервіси та бази даних, що розташовані в Wellcome Trust Genome Campus в м. Гінкстоні, Великобританія[[Велика Британія]]. SIB розташований в м. Женеві (Швейцарія) та підтримує функціонування серверів з [[ExPASy]] (''Expert Protein Analysis System'') — центральним ресурсом баз даних протеоміки. PIR розташований на базі Національної біомедичної науково-дослідної фундації (''National Biomedical Research Foundation (NBRF'') в Джорджтаунському університетському медичному центрі в м. Вашингтон (США) та забезпечує підтримку найдавнішої бази даних послідовностей протеїнів — Атлас протеїнових послідовностей та структури імені ''Margaret Oakley Dayhoff,'' що був вперше опублікований в 1965 році.<ref name="dayhoff">{{cite book |author=Dayhoff, Margaret O. |title=Atlas of protein sequence and structure |publisher=National Biomedical Research Foundation |location=Silver Spring, Md |year=1965 |pages= |isbn= |oclc= |doi= |accessdate=}}</ref> EBI, SIB та PIR приєдналися до UniProt консорціуму в 2002 році.<ref>http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10005283</ref>
