Обраний [[конклав]]ом 15 лютого 1775 після 174 днів засідання. Після вступу на трон Святого Петра Пій VI, всупереч забороні [[Інокентій XII|Інокентія XII]], призначив кардиналомкардиналами свогосвоїх непота[[Непотизм|непотів]] (близьких родичів) —- Ромуальдодядька [[Джованні Карло Банді]] (29.05.1775) та брата [[Ромоальдо Онесті-Браскі-Онесті]] (18.12.1786). Брат папи був проголошений князем Немі. Для свого непота папа збудував у центрі Риму, на пьяццап'яцца Навона, розкішний палац Браскі. Релігійна діяльність папи зводилася головним чином до організації чергових святкувань [[ювілейний рік|Ювілейного року]]: у 1775, 1782, 1790 і 1792. Розпуск ордена єзуїтів згубно відбиласявідбився на папськоїпапській адміністрації, особливо на місіонерських територіях. У 1784 папа призначив колишнього єзуїта Джона Керолла першим єпископом у Сполучених Штатах. Принцип відокремлення церкви від держави, проголошений в американській конституції з 1787року, дозволив католицизму вільно розвиватися в країні, де більшість населення становили протестанти.
У Європі важкою проблемою для папства було поширення [[Етатизм|етатизму]] і [[Янсенізм|янсенізму]] в таких католицьких країнах, як [[Франція]] та [[Австрія]]. Поширенню ідей Фебронія, засуджених [[Климент XIII|Климентом XIII]], сприяв імператор [[Йосип II]], монарх Австрії. Він вважав себе відповідальним за долю католицизму на території своєї держави і абсолютно не прислухався до думки апостольської столиці. Пій VI вирішив особисто поїхати до [[Відень|Відня]], щоб підняти там авторитет римського єпископа. Імператор прийняв його з почестями, але не відмовився від своїх реформ. У 1786 в тосканському місті Пістоя відбувся синод, скликаний єпископом Річчі, прихильником ідей іосіфізмуіосифізму і янсенізму. [[Синод]] прийняв багато рішень реформаторського характеру, які папа засудив у 1794 головним чином з тієї причини, що єпископ діяв самовільно, без згоди апостольської столиці. За часів Пія VI відбувся останній поділ Польщі. У цій справі папство 20 років дотримувалося нестійкої і невпевненої політики. У 1791 Пій VI визнав конституцію 3 травня, але з умовою, що права католицької церкви в Польщі не будуть порушені. У 1795 папа засудив повстання під проводом [[Костюшко Тадеуш|Тадеуша Костюшка]], а в 1796 ліквідував [[Нунцій|нунціатуру]] у [[Варшава|Варшаві]].
У 1784 році Папа Пій VI також дозволив перенести мощі римського мученика [[Святий Парфеній|Святого Парфенія]] (пом. у 304 р.) з Відня до [[Жовква|Жовкви]] (на Львівщині) де вони зберігаються і до цього часу.
