У 1518 році Мішель де Нотрдам вирушає на навчання в Авіньйон, де в 1521 році отримує ступінь магістра мистецтв. Про подальші вісім рокахроків його життя відомо лише з його власної фрази в кулінарно-косметичній книжечці, згідно з якою ці роки пройшли в безперервних подорожах з метою «''дізнатися і вивчити джерела і походження рослин і інших найпростіших речовин, що стосуються вершини медичної науки»''. У 1529 році офіційна біографія майбутнього провісника триває: він вступає на медичний факультет університету Монпельє. Унаслідок різких висловлювань про вчителів та інтереси до забороненої фармацевтики його тут же ледь не виключили з університету. Проте конфлікт вдалося залагодити, і в 1534 році Мішель отримав докторську ступінь. З цього моменту його прізвище пишеться на латинський кшталт: «Nostradamus». У тому ж 1534 він знову вирушає у мандри, в ході яких знайомиться з відомим астрологом і вченим Жюлем Сезаром Скалігером. Ймовірно за пропозицією Скалігера в 1536 році Нострадамус влаштувався в Ажені. Незабаром у його житті починається чорна смуга. У 1537 році від чуми в Ажені гинуть дружина і діти, в 1538 році його допитує інквізиція через нібито невтішні висловлювання про статую Діви Марії, і в тому ж році з незрозумілих причин виникає смертельна сварка Нострадамуса зі Скалігером. Нострадамус залишає Ажен. Від Скалігера він отримає згодом кілька отруйних антисемітських епіграм, в яких той натякає на приховане іудейство Нострадамуса. Але молодший син Нострадамуса буде названий Сезаром — можливо, на честь Скалігера. Наступні кілька років Нострадамус проводить у мандрах по Італії та Німеччині. В 1544 році відновлює лікарську практику в Марселі, а в 1546 році бореться з чумою на південному сході Франції в Екс-ан-Провансі. За самовіддану працю лікаря він був удостоєний парламентом Екс-ан-Провансу довічної пенсії. Існують легенди про чудодійну силу створених ним ліків, проте до наших днів дійшли рецепти, що не виходять за рамки традиційної медицини XVI століття. У 1547 році Нострадамус одружився на Ганні Понсарден, і від цього шлюбу народиться згодом шість дітей, у тому числі Сезар де Нотрдам.
