«Атлетіку» було засновано 18 вересня 1942 року шляхом злиття двох клубів: «КаркавеліньйошКаркавеліньюш» (створений в 1912 р.) та «Уніау Лісбоа» (1910). Перший офіційний матч команда провела 11 жовтня 1942-го проти «[[Бенфіка (футбольний клуб)|Бенфіки]]», програвши з рахунком 5-1<ref> [http://atleticototal.blogspot.pt/2010/08/estreia-oficial-do-atletico.html Офіційна історія «Атлетіку»]{{Ref-pt}}</ref>. В 40-х роках клуб двічі виходив у фінал [[Кубок Португалії з футболу|Кубка Португалії]]. В першому фіналі на «[[Національний стадіон (Жамор)|Національному стадіоні]]» вони програли «[[Спортінг (Лісабон)|Спортінгу]]» 4-2<ref> [http://www.zerozero.pt/jogo.php?id=306138 «Спортінг» 4-2 «Атлетіку»]{{Ref-pt}}</ref>. Через 3 роки у фіналі перемогла «Бенфіка» (2-1)<ref> [http://www.zerozero.pt/jogo.php?id=306152 «Бенфіка» 2-1 «Атлетіку»]{{Ref-pt}}</ref>. У [[Прімейра-Ліга|вищому дивізіоні]] Португалії «Атлетіку» провів 24 сезони, останній з яких в 1976-77. В сезоні 2011-12 «Атлетіку» вийшов в [[Сегунда-Ліга|Сегунда-Лігу]], де продовжує виступати і посьогодні.
