У заповіднику є велика кількість доріг, їхїхня загальна довжина з [[просіка]]ми і трасами становить 520 км, у тому числі доріг з твердим покриттям — 161 км<ref name=abc1>Борейко В. Е., Паламарчук А. О. Заповедники Украины без гламура. Мониторинг нарушений заповедного режима 2003–2013. / Мат. независимого расследования. — К.: КЭКЦ, 2014. — 128 с.</ref>. У порушення закону в заповіднику встановлювалися пасіки, заготовляли шипшину і на трьох плантаціях вирощувалися для реалізації новорічні ялинки<ref name=abc1/><ref>Закон України «Про природно-заповідний фонд України»</ref>. Після звернення громадськості до правоохоронних органів ці порушення було припинено.
У заповіднику активно проводяться санітарні та інші види рубок, що негативно позначається на збереженні лісового [[біорізноманіття]]. Так, наприкінці 1990-х років у заповіднику рубалося до 10% території (при цьому з 1 га вилучалося до 1,4 м<sup>2</sup>² деревини, і це при тому, що в господарських лісах України в середньому з 1 га заготовлюється 1,5м<sup>2</sup>² деревини)<ref>Онищенко В. А. Природоохоронне впорядкування заповідників на прикладі природного заповідника Медобори // Заповідна справа в Україні. — 2000. — Т. 6. — Спецвипуск. — С. 65-76.</ref>.
Заповідник дуже погано охороняється, тому відвідувачі самовільно відвідують територіюйого заповідникатериторію, палять багаття, залишають сміття. За офіційними даними заповідник щорічно відвідує дуже велика кількість людей — до 64 тис. oсіб, що створює значний фактор занепокоєння для диких тварин<ref name=abc1/>. У заповіднику щорічно відловлюється пастками до 200 дрібних [[ссавці]]в<ref name=abc1/>.
