ДНК-метилтрансферази сімейства DNMT1 [[домашня миша|миші]] є білками з [[Молекулярна маса|молекулярною масою]] біля 190 [[атомна одиниця маси|кДа]], що містить 1620 [[АминокислотаАмінокислота|аминокислотнихамінокислотних залишків]]. Основна активність цього ферменту полягає в метилюванні напівметильованих ділянок CpG. Молекула ДНК-метилтрансферази DNMT1 значно більше прокаріотичного ферменту за рахунок наявності N-кінцевої регуляторної ділянки, що становить <sup>2</sup>/<sub>3</sub>, від всієї довжини поліпептидного ланцюга. Саме ця ділянка відповідає за надання «переваги» ферментом напівметильованим ділянкам перед неметильованими. Регуляторна N-кінцева ділянка сполучена з каталітичним C-кінцевим при допомозі [[гліцин|Gly]]-[[лізин|Lys]]-півторів. Вважається, що [[ген]] dnmt1 утворився шляхом злиття гену прокаріотичної ДНК-метилтрансферази з одним або двома генами [[ДНК-зв'язуючі білки|ДНК-зв'язуючих білків]].
