Двічі обіймав посаду міністра оборони — в період 1990-1994 років (включаючи період війни за незалежність), знову ж таки з червня по листопад 2000 року в короткостроковому уряді [[Андрій Баюк|Андрія Баюка]]. Після перемоги на національних виборах у 2004, на чолі СДС створив (разом з [[Нова Словенія|Новою Словенією]], [[словенська народна партія|словенською народною партією]] і [[Демократична партія пенсіонерів Словенії|партією пенсіонерів]]) правоцентристський коаліційний уряд, і обійняв посаду прем'єр-міністра Словенії, яку він займав протягом повного чотирирічного терміну.
Після [[Парламентські вибори в Словенії, 2008|виборів 2008 року]], СДС перейшла в опозицію. В кінці того ж року, Янез Янша, залишив депутатський мандат, став головою експертної ради, яка є неофіційним [[тіньовий кабінет|тіньовим кабінетом]]<ref>{{cite web|publisher=sta.si|title=SDS ustanovila strokovni svet|accessdate=2011-12-05|url=http://www.sta.si/vest.php?s=s&id=1349433|language=sl|date=2008-12-23 грудня 2008|archiveurl=http://www.webcitation.org/6JAL64keH|archivedate=2013-08-26}}</ref>. На [[Парламентські вибори в Словенії, 2011|виборах 2011]] його партія знову зайняла друге місце<ref>{{cite web|publisher=volitve.gov.si|title=Trenutni mandati po listah|url=http://volitve.gov.si/dz2011/rezultati/izvoljeni_kandid_po_strankah.html|language=sl|accessdate=2011-12-05|deadurl=404}}</ref>.
28 січня 2012 парламентська більшість (від 51 проти 39) призначила його прем'єр-міністром, доручивши йому сформувати уряд протягом 14 днів<ref>{{cite web|publisher=24ur.com|title=Janša: Glasovanje je zmaga razuma|date=28 stycznia 2012|url=http://24ur.com/novice/slovenija/osemurna-razprava-o-tem-ali-je-jansa-primeren-za-mandatarja-ali-ne.html#video|language=sl|accessdate=2012-01-29|archiveurl=http://www.webcitation.org/6JAL7JXmi|archivedate=2013-08-26}}</ref>. Другий уряд Янез Янша був приведений до присяги 10 лютого 2012,коли зазнав вотум довіри<ref>{{cite web|publisher=rtvslo.si|title=Slovenija dobila deseto vlado|date=10 lutego 2012|url=http://www.rtvslo.si/slovenija/slovenija-dobila-deseto-vlado/276528|language=sl|accessdate=2012-02-14|archiveurl=http://www.webcitation.org/6JALB01ki|archivedate=2013-08-26}}</ref>. До її складу увійшли представники п'яти партій — чотири що брали участь у створенні його першого кабінету ще й [[Цивільний список]].
На початку 2013 кабінет Янеза Янша зазнав звинувачень у корупції під час першого терміну володарювання при покупці фінських танків [[Patria (компанія)|Patria]]. 27 лютого 2013 коаліційний уряд отримав вотум недовіри на вимогу опозиції (більшість за 55 проти 33 голосів) і парламент доручив місію формування нового кабінету [[Аленка Братушек|Аленці Братушек]]<ref>{{cite web|publisher=polskatimes.pl|title=Kryzys polityczny na Słowenii: Opozycja obaliła rząd Janszy, Alenka Bratuszek przejmuje władzę|date=28 lutegoa 2013|url=http://www.polskatimes.pl/artykul/772069,kryzys-polityczny-na-slowenii-opozycja-obalila-rzad-janszy,id,t.html|accessdate=2013-02-28|archiveurl=http://www.webcitation.org/6JALDRUGU|archivedate=2013-08-26}}</ref>.
