Раніше вважалося, що вибір хромосоми для інактивації повністю довільний, і кожна з двох гомологічних X-хромосом буде інактивованою з імовірністю 50%. Але з'явилися праціпублікації, які доводять, що в деяких модельних організмах генетичні фактори впливають на вибір. Так, у мишей існують регуляторні елементи ({{lang-en|Xce, X-controlling element}}), які мають три алельні форми, і одна з них, Xce<sup>c</sup>, частіше зустрічається в активній X-хромосомі, тоді як Xce<sup>a</sup> частіше зустрічається в неактивній<ref name="X-ch">{{cite journal |author=Renault NK, Pritchett SM, Howell RE, Greer WL, Sapienza C, Orstavik KH, Hamilton DC. |title=Human X-chromosome inactivation pattern distributions fit a model of genetically influenced choice better than models of completely random choice |journal=European Journal of Human Genetics |volume= |issue= |pages= |year=2013 |pmid=23652377 |doi=10.1038/ejhg.2013.84 }}</ref>.
Залишається нез'ясованим, чи в довільному порядку відбувається інактивація X-хромосоми ву людини. Нещодавні роботидослідження вказують на те, що генетичне оточення може впливати на вибір X-хромосоми, яку буде інактивовано<ref name="X-ch"></ref>.
