Відмінності між версіями «Молекулярний докінг»

У цьому підході білок і ліганд відділені деяким фізичним відстанню, і ліганд знаходить своє положення в активний сайт білка після певного числа «кроків». Кроки включають перетворення твердого тіла, такі як переміщення і обертання, а також внутрішні зміни структури ліганда включаючи кутові обертання. Кожен з цих кроків у просторі змінює повну енергійну оцінку системи, і отже вона обчислюється після кожного руху. Очевидна перевага цього методу полягає в тому, що це дозволяє досліджувати гнучкість ліганда під час моделювання, тоді як методи взаємозалежності форми повинні використовувати деякі інші методи, щоб дізнаватися про гнучкість ліганда. Інша перевага полягає в тому, що процес фізично ближче до того, що відбувається насправді, коли білок і ліганд наближаються до один одному після молекулярного розпізнавання. Незручність цієї техніки - те, що вона займає час, щоб оцінити оптимальну позу закріплення, так як необхідно досліджувати досить великий енергетичний пейзаж.
 
== Програми для молекулярної стиковкимолекулярнодокінгу ==
 
Існує багато програм для теоретичної стиковки білків. Велика частина працює за наступним принципом: один білок фіксується в просторі, а другий повертається навколо нього різноманітними способами. При цьому, для кожної конфігурації поворотів виробляються оціночні розрахунки по оцінної функції. Оціночна функція заснована на поверхневій комплементарності, електростатичних взаємодіях, Ван-дер-Ваальсовском відштовхуванні і так далі. Проблема при цьому пошуку в тому, що обчислення по всьому конфігураційному простору вимагають багато часу на обчислення, рідко приводячи до єдиного рішення. [8]
Анонімний користувач