Після деякого часу, визначеногощо визначається її нуклеотідноюнуклеотидною послідовністю, зокрема, довжиною поліаденінової ділянки на 3'-кінці молекули, мРНК руйнується на нуклеотиди, з яких вона збудована, за участю [[РНКаза|РНКаз]]. Як правило, руйнування починається з видалення кепа на 5'-кінці, поліаденінового хвоста на 3'-кінці і потім екзо[[нуклеаза|нуклеазы]] одночасно руйнують мРНК в 5' -> 3' і 3' -> 5' напрямках. мРНК, в якій сигнал завершення синтезу білка, стоп-кодон, в результаті помилки транскрипції знаходиться в середині кодуючої послідовності, схильна до особливої швидкої форми деградації, НМД (nonsense-mediated decay), що проходить через зв'язування багатих на AU [[мотив послідовності|мотивів]] із специфічними білками<ref>{{cite journal|Shaw, G. and Kamen, R.| title = A conserved AU sequence from the 3' untranslated region of GM-CSF mRNA mediates selective mRNA degradation | journal = Cell | year = 1986 | volume = 46 | issue = 5 | pages = 659-667 | pmid = 3488815 | url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=3488815&itool=iconabstr&query_hl=1&itool=pubmed_docsum }}</ref>.
