Заснований в 1964 році. Клуб часто змінював назви. Він виступав у Другій лізі чемпіонату СРСР з футболу (сезони 1964—1970, 1973—1974, 1986—1991). З 1992 року виступає в чемпіонаті Узбекистану.
До 2004 року клуб не був, як правило, в середині турнірної таблиці і не вилітав до Першої ліги. Найкращим результатом команди було 6-те місце в 1999 році. В 2004 році, доволі неочікувано, клуб опинився в нижній частині турнірної таблиці та вибув до Першої ліги. Наступного сезону, однак, клуб повернувся до вищого дивізіону. Сезон 2008 року ФК «Андіжан» закінчив на 5-му місці. 22 серпня 2012 року клуб очолив Азамат Абдураїмов, перед яким було поставлено завдання зберегти ФК «Андіжан» у Вищій лізі. Але клуб вилетів до Першої ліги. Клуб завершив сезон 2013 року на другому місці, дозволивши випередити себе лише Машалу (Мубарек), і отримав путівку до Першої ліги після річної перерви. У сезоні 2013 року після завершення першої половини сезону Андіжан займав 14-те місце з лише 4 набраними очками. 14 червня 2014 року ФК «Андіжан» програв виїзний матч Буньодкору з рахунком 1:2. Кілька днів по тому, 20 червня 2014 року, Азамат Абдураїмов залишив свій пост. Виконувачем обов'язків головного тренера клубу було призначено Оріфа Маматказіна. 26 вересня 2014 Едгара Гесса було представлено як нового головного тренера клубу. У сезоні 2014 року в вищій лізі клуб зайняв 14-те місце.
Узбекистан
Едгар Гесс
.jpg)
Перша ліга Чемпіонату Узбекистану
Чемпіон (1): 2005
Срібний призер (1): 2013
Олександр Авер'янов
.svg){kind=small}
Володимир Жуковський
Сергій Шевченко
Хакім Файзулов
Іштван Секеч