Нейтральна мутація (англ. neutral mutation) (лат. neutralis - нікому не належить); (лат. mutatio) - зміна) - мутація, при якій відбувається зміна в гені, яка не відбивається на життєздатності організму (колір очей, група крові). Вважається, що чим довше здійснюється незалежна еволюція видів, тим більше нейтральних мутацій встигне закріпитися. Їх накопичення виявляється свого роду молекулярним годинником, за яким можна оцінити час незалежної еволюції видів і побудувати філіпченкове дерево.