NUP98

NUP98 (англ. Nucleoporin 98) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 817 амінокислот, а молекулярна маса — 197 579.

NUP98
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1KO6, 2Q5X, 2Q5Y, 3MMY, 4OWR, 5A9Q
Ідентифікатори
Символи	NUP98, ADIR2, NUP196, NUP96, nucleoporin 98kDa, nucleoporin 98
Зовнішні ІД	OMIM: 601021 MGI: 109404 HomoloGene: 35472 GeneCards: NUP98
Онтологія гена Молекулярна функція • transporter activity • пептидний зв'язок • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nuclear localization sequence binding • RNA binding • GO:0070122 peptidase activity • serine-type peptidase activity • hydrolase activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • mRNA binding • promoter-specific chromatin binding • GO:0005487 structural constituent of nuclear pore Клітинна компонента • гіалоплазма • Ядерна мембрана • nuclear envelope • nuclear periphery • мембрана • Ядерна пора • nuclear pore outer ring • nuclear inclusion body • nuclear pore nuclear basket • клітинне ядро • кінетохор • nuclear pore cytoplasmic filaments • нуклеоплазма • внутрішньоклітинна мембранна органела • ядерні тільця • Рибонуклеопротеїни • host cell Біологічний процес • mRNA transport • nuclear pore complex assembly • реплікація ДНК • protein transport • GO:0022415 viral process • nuclear pore organization • posttranscriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery • RNA export from nucleus • telomere tethering at nuclear periphery • mRNA export from nucleus • protein import into nucleus • протеоліз • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome • transcription by RNA polymerase II • nucleocytoplasmic transport • positive regulation of nucleic acid-templated transcription • regulation of glycolytic process • tRNA export from nucleus • protein sumoylation • viral transcription • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • GO:0046795 intracellular transport of virus • regulation of cellular response to heat Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	4928	269966
Ensembl	ENSG00000110713	ENSMUSG00000063550
UniProt	P52948	Q6PFD9
RefSeq (мРНК)	NM_005387 NM_016320 NM_139131 NM_139132	NM_001287164 NM_001287165 NM_001287166 NM_001287167 NM_022979
RefSeq (білок)	NP_005378 NP_057404 NP_624357 NP_624358 NP_001352054 NP_001352055 NP_001352056 NP_001352057 NP_001352058	NP_001274093 NP_001274094 NP_001274095 NP_001274096 NP_075355 NP_001391063 NP_001391064 NP_001391065 NP_001391066 NP_001391067 NP_001391068 NP_001391069 NP_001391070
Локус (UCSC)	Хр. 11: 3.67 – 3.8 Mb	Хр. 7: 101.77 – 101.86 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MFNKSFGTPF		GGGTGGFGTT		STFGQNTGFG		TTSGGAFGTS		AFGSSNNTGG
LFGNSQTKPG		GLFGTSSFSQ		PATSTSTGFG		FGTSTGTANT		LFGTASTGTS
LFSSQNNAFA		QNKPTGFGNF		GTSTSSGGLF		GTTNTTSNPF		GSTSGSLFGP
SSFTAAPTGT		TIKFNPPTGT		DTMVKAGVST		NISTKHQCIT		AMKEYESKSL
EELRLEDYQA		NRKGPQNQVG		AGTTTGLFGS		SPATSSATGL		FSSSTTNSGF
AYGQNKTAFG		TSTTGFGTNP		GGLFGQQNQQ		TTSLFSKPFG		QATTTQNTGF
SFGNTSTIGQ		PSTNTMGLFG		VTQASQPGGL		FGTATNTSTG		TAFGTGTGLF
GQTNTGFGAV		GSTLFGNNKL		TTFGSSTTSA		PSFGTTSGGL		FGNKPTLTLG
TNTNTSNFGF		GTNTSGNSIF		GSKPAPGTLG		TGLGAGFGTA		LGAGQASLFG
NNQPKIGGPL		GTGAFGAPGF		NTTTATLGFG		APQAPVALTD		PNASAAQQAV
LQQHINSLTY		SPFGDSPLFR		NPMSDPKKKE		ERLKPTNPAA		QKALTTPTHY
KLTPRPATRV		RPKALQTTGT		AKSHLFDGLD		DDEPSLANGA		FMPKKSIKKL
VLKNLNNSNL		FSPVNRDSEN		LASPSEYPEN		GERFSFLSKP		VDENHQQDGD
EDSLVSHFYT		NPIAKPIPQT		PESAGNKHSN		SNSVDDTIVA		LNMRAALRNG
LEGSSEETSF		HDESLQDDRE		EIENNSYHMH		PAGIILTKVG		YYTIPSMDDL
AKITNEKGEC		IVSDFTIGRK		GYGSIYFEGD		VNLTNLNLDD		IVHIRRKEVV
VYLDDNQKPP		VGEGLNRKAE		VTLDGVWPTD		KTSRCLIKSP		DRLADINYEG
RLEAVSRKQG		AQFKEYRPET		GSWVFKVSHF		SKYGLQDSDE		EEEEHPSKTS
TKKLKTAPLP		PASQTTPLQM		ALNGKPAPPP		QSQSPEVEQL		GRVVELDSDM
VDITQEPVLD		TMLEESMPED		QEPVSASTHI		ASSLGINPHV		LQIMKASLLT
DEEDVDMALD		QRFSRLPSKA		DTSQEICSPR		LPISASHSSK		TRSLVGGLLQ
SKFTSGAFLS		PSVSVQECRT		PRAASLMNIP		STSSWSVPPP		LTSVFTMPSP
APEVPLKTVG		TRRQLGLVPR		EKSVTYGKGK		LLMDMALFMG		RSFRVGWGPN
WTLANSGEQL		NGSHELENHQ		IADSMEFGFL		PNPVAVKPLT		ESPFKVHLEK
LSLRQRKPDE		DMKLYQTPLE		LKLKHSTVHV		DELCPLIVPN		LGVAVIHDYA
DWVKEASGDL		PEAQIVKHWS		LTWTLCEALW		GHLKELDSQL		NEPREYIQIL
ERRRAFSRWL		SCTATPQIEE		EVSLTQKNSP		VEAVFSYLTG		KRISEACSLA
QQSGDHRLAL		LLSQFVGSQS		VRELLTMQLV		DWHQLQADSF		IQDERLRIFA
LLAGKPVWQL		SEKKQINVCS		QLDWKRSLAI		HLWYLLPPTA		SISRALSMYE
EAFQNTSDSD		RYACSPLPSY		LEGSGCVIAE		EQNSQTPLRD		VCFHLLKLYS
DRHYDLNQLL		EPRSITADPL		DYRLSWHLWE		VLRALNYTHL		SAQCEGVLQA
SYAGQLESEG		LWEWAIFVLL		HIDNSGIREK		AVRELLTRHC		QLLETPESWA
KETFLTQKLR		VPAKWIHEAK		AVRAHMESDK		HLEALCLFKA		EHWNRCHKLI
IRHLASDAII		NENYDYLKGF		LEDLAPPERS		SLIQDWETSG		LVYLDYIRVI
EMLRHIQQVD		CSGNDLEQLH		IKVTSLCSRI		EQIQCYSAKD		RLAQSDMAKR
VANLLRVVLS		LHHPPDRTSD		STPDPQRVPL		RLLAPHIGRL		PMPEDYAMDE
LRSLTQSYLR		ELAVGSL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, серинових протеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транспорт, транспорт білків, транспорт мРНК, транслокація, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі, мембрані, комплексі ядерної пори.

Література

• Fontoura B.M.A., Blobel G., Matunis M.J. (1999). A conserved biogenesis pathway for nucleoporins: proteolytic processing of a 186-kilodalton precursor generates Nup98 and the novel nucleoporin, Nup96. J. Cell Biol. 144: 1097—1112. PMID 10087256 DOI:10.1083/jcb.144.6.1097
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Pritchard C.E., Fornerod M., Kasper L.H., van Deursen J.M. (1999). RAE1 is a shuttling mRNA export factor that binds to a GLEBS-like NUP98 motif at the nuclear pore complex through multiple domains. J. Cell Biol. 145: 237—254. PMID 10209021 DOI:10.1083/jcb.145.2.237
• Frosst P., Guan T., Subauste C., Hahn K., Gerace L. (2002). Tpr is localized within the nuclear basket of the pore complex and has a role in nuclear protein export. J. Cell Biol. 156: 617—630. PMID 11839768 DOI:10.1083/jcb.200106046
• Hase M.E., Cordes V.C. (2003). Direct interaction with nup153 mediates binding of Tpr to the periphery of the nuclear pore complex. Mol. Biol. Cell. 14: 1923—1940. PMID 12802065 DOI:10.1091/mbc.E02-09-0620
• Krull S., Thyberg J., Bjorkroth B., Rackwitz H.R., Cordes V.C. (2004). Nucleoporins as components of the nuclear pore complex core structure and Tpr as the architectural element of the nuclear basket. Mol. Biol. Cell. 15: 4261—4277. PMID 15229283 DOI:10.1091/mbc.E04-03-0165

Див. також

• Хромосома 11