Нейрокальцин-дельта

NCALD
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1BJF
Ідентифікатори
Символи	NCALD, neurocalcin delta
Зовнішні ІД	OMIM: 606722 MGI: 1196326 HomoloGene: 49978 GeneCards: NCALD
Онтологія гена
Молекулярна функція	• tubulin binding; • clathrin binding; • calcium ion binding; • actin binding; • alpha-tubulin binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • зв'язування з іоном металу; • ligand-gated ion channel activity;
Клітинна компонента	• гіалоплазма; • внутрішньоклітинний; • clathrin coat of trans-Golgi network vesicle;
Біологічний процес	• vesicle-mediated transport; • calcium-mediated signaling; • regulation of systemic arterial blood pressure; • ion transmembrane transport;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	83988
	52589
	ENSG00000104490
	ENSMUSG00000051359
	P61601
	Q91X97
NM_001040624; NM_001040625; NM_001040626; NM_001040627; NM_001040628;
	NM_001040629; NM_001040630; NM_032041
NM_001170866; NM_001170867; NM_001170868; NM_134094; NM_001359839;
	NM_001359840; NM_001359841; NM_001359842; NM_001359843; NM_001359844; NM_001359845
NP_001035714; NP_001035715; NP_001035716; NP_001035717; NP_001035718;
	NP_001035719; NP_001035720; NP_114430
NP_001164337; NP_001164338; NP_001164339; NP_598855; NP_001346768;
	NP_001346769; NP_001346770; NP_001346771; NP_001346772; NP_001346773; NP_001346774
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

NCALD (англ. Neurocalcin delta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 8-й хромосомі.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 193 амінокислот, а молекулярна маса — 22 245^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGKQNSKLRP	EVMQDLLEST	DFTEHEIQEW	YKGFLRDCPS	GHLSMEEFKK
IYGNFFPYGD	ASKFAEHVFR	TFDANGDGTI	DFREFIIALS	VTSRGKLEQK
LKWAFSMYDL	DGNGYISKAE	MLEIVQAIYK	MVSSVMKMPE	DESTPEKRTE
KIFRQMDTNR	DGKLSLEEFI	RGAKSDPSIV	RLLQCDPSSA	GQF

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до ліпопротеїнів. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном кальцію.

Білок нейрокальцин-дельта належить до великої родини нейронних кальцієвих сенсорів. Білок має сайти для зв'язування з іонами кальцію. Молекула нейрокальцину має гідрофобний N-міристоїловий домен, який при зв'язуванні іону кальцію переміщується на її поверхню. Цей домен вбудовується в клітинну мембрану, дозволяючи білку переходити з цитоплазми до мембрани. Найвищий рівень експреспресії в тканинах мозку [1]. Існують дані, що нейрокальцин взаємодіє з клатрином, актином і тубуліном, і можливо бере участь в контролі клатрин-залежного ендоцитозу^[5].

Клонування та експресія

Ген був клонований з бібліотеки кДНК. Повний ген кДНК довжиною 32,295 п.н. містить 1 відкриту рамку зчитування 3 149 по 730 нуклеотиди. Така послідовність може кодувати білок довжиною 194 амінокислотні залишки. Послідовність містить ATG старт-кодон (AGGATGG) (Консенсусна послідовність Козак (A/GXXATGG)). Три можливі сайти поліаденілювання знайдені на кінці 3' UTR. NCALD містить 6 екзонів^[6] .У людини ген розтошований в 8q22.3 локусі 8-ї хромосоми. Існує декілька (30) варіантів альтернативного сплайсингу гену. Ген має 89 ортологів, 13 парологів і ассоційований з 9-ма фенотипами [2].

Високий рівень експрессії NCALD в нейронах спинного та кори головного мозку, у містях росту аксону, пресинаптичних терміналях нейромязових контактів.

Функції гена

NCALD — консервативний білок, відіграє важливу роль у регуляції процесів передачі сигналу нейронів.

Встановлено, нокдаун гену за допомогою siRNA у клітинах нейронів викликає диференціюваю моторних нейронів та спричиняє рост відростувв нейрону. На відміну від цього, надмірна експресія NCALD порушує цей процес. Було встановлено, що NCALD зв'язував клатрин лише при низьких рівнях кальцію. Фібробласти, отримані від пацієнтів з м'язовою атрофією спинного мозку та клітинами, отриманими на тваринних моделях SMA, показали сильно знижений ендоцитоз, можливо, через знижений кальцій, який можна було б моделювати за рахунок нокдауну NCALD^[7]. Висновки показали, що низький рівень NCALD, який іноді спостерігається у безсимптомних пацієнтів з СМА, може дозволити вільному клатрину діяти брати участь в ендоцитозі навіть при низьких рівнях кальцію [3].

NCALD є кальційзалежним негативним регулятором ендоцитозу. Точковий поліморфізм 3' UTR сайта зустрічається при диабеті другого типу, можливо зумовлює схильність до діабетична нефропатія.

Література ред.

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки ред.

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7655 (англ.) . Процитовано 19 вересня 2017.
↑ UniProt, P61601 (англ.) . Процитовано 19 вересня 2017.
↑ Ivings, Lenka; Pennington, Stephen R.; Jenkins, Roz; Weiss, Jamie L.; Burgoyne, Robert D. (1 травня 2002). Identification of Ca2+-dependent binding partners for the neuronal calcium sensor protein neurocalcin δ: interaction with actin, clathrin and tubulin. Biochemical Journal (англ.). Т. 363, № 3. с. 599—608. doi:10.1042/0264-6021:3630599. ISSN 0264-6021. PMID 11964161. Процитовано 23 січня 2018.
↑ Wang, W.; Zhou, Z.; Zhao, W.; Huang, Y.; Tang, R.; Ying, K.; Xie, Y.; Mao, Y. (19 березня 2001). Molecular cloning, mapping and characterization of the human neurocalcin delta gene (NCALD). Biochimica Et Biophysica Acta. Т. 1518, № 1-2. с. 162—167. ISSN 0006-3002. PMID 11267673. Процитовано 24 січня 2018.
↑ Riessland, Markus; Kaczmarek, Anna; Schneider, Svenja; Swoboda, Kathryn J.; Löhr, Heiko; Bradler, Cathleen; Grysko, Vanessa; Dimitriadi, Maria; Hosseinibarkooie, Seyyedmohsen. Neurocalcin Delta Suppression Protects against Spinal Muscular Atrophy in Humans and across Species by Restoring Impaired Endocytosis. The American Journal of Human Genetics. Т. 100, № 2. с. 297—315. doi:10.1016/j.ajhg.2017.01.005. Процитовано 23 січня 2018.

Див. також ред.

Хромосома 8

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7655 (англ.) . Процитовано 19 вересня 2017.

[UniProt-4] UniProt, P61601 (англ.) . Процитовано 19 вересня 2017.

[5] Ivings, Lenka; Pennington, Stephen R.; Jenkins, Roz; Weiss, Jamie L.; Burgoyne, Robert D. (1 травня 2002). Identification of Ca2+-dependent binding partners for the neuronal calcium sensor protein neurocalcin δ: interaction with actin, clathrin and tubulin. Biochemical Journal (англ.). Т. 363, № 3. с. 599—608. doi:10.1042/0264-6021:3630599. ISSN 0264-6021. PMID 11964161. Процитовано 23 січня 2018.

[6] Wang, W.; Zhou, Z.; Zhao, W.; Huang, Y.; Tang, R.; Ying, K.; Xie, Y.; Mao, Y. (19 березня 2001). Molecular cloning, mapping and characterization of the human neurocalcin delta gene (NCALD). Biochimica Et Biophysica Acta. Т. 1518, № 1-2. с. 162—167. ISSN 0006-3002. PMID 11267673. Процитовано 24 січня 2018.

[7] Riessland, Markus; Kaczmarek, Anna; Schneider, Svenja; Swoboda, Kathryn J.; Löhr, Heiko; Bradler, Cathleen; Grysko, Vanessa; Dimitriadi, Maria; Hosseinibarkooie, Seyyedmohsen. Neurocalcin Delta Suppression Protects against Spinal Muscular Atrophy in Humans and across Species by Restoring Impaired Endocytosis. The American Journal of Human Genetics. Т. 100, № 2. с. 297—315. doi:10.1016/j.ajhg.2017.01.005. Процитовано 23 січня 2018.

[3]

[4]

[1]

[2]

[5]

[6]

[7]