APOBEC3F

APOBEC3F (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3F) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 373 амінокислот, а молекулярна маса — 45 020.

APOBEC3F
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 3WUS, 4IOU, 4J4J, 5HX5, 5HX4
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3F, A3F, ARP8, BK150C2.4.MRNA, KA6, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3F
Зовнішні ІД	OMIM: 608993 HomoloGene: 105867 GeneCards: APOBEC3F
Онтологія гена Молекулярна функція • cytidine deaminase activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • каталітична активність • RNA binding • hydrolase activity • identical protein binding Клітинна компонента • цитоплазма • P-body • apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex • клітинне ядро • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • negative regulation of transposition • negative regulation of viral process • процес імунної системи • base conversion or substitution editing • negative regulation of viral genome replication • defense response to virus • DNA cytosine deamination • DNA demethylation • вроджений імунітет • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • positive regulation of defense response to virus by host • cytidine deamination • cytidine to uridine editing Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	200316	н/д
Ensembl	ENSG00000128394	н/д
UniProt	Q8IUX4	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_001006666 NM_145298	н/д
RefSeq (білок)	NP_001006667 NP_660341	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 22: 39.04 – 39.06 Mb	н/д
PubMed search		н/д
Вікідані
Див./Ред. для людей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKPHFRNTVE		RMYRDTFSYN		FYNRPILSRR		NTVWLCYEVK		TKGPSRPRLD
AKIFRGQVYS		QPEHHAEMCF		LSWFCGNQLP		AYKCFQITWF		VSWTPCPDCV
AKLAEFLAEH		PNVTLTISAA		RLYYYWERDY		RRALCRLSQA		GARVKIMDDE
EFAYCWENFV		YSEGQPFMPW		YKFDDNYAFL		HRTLKEILRN		PMEAMYPHIF
YFHFKNLRKA		YGRNESWLCF		TMEVVKHHSP		VSWKRGVFRN		QVDPETHCHA
ERCFLSWFCD		DILSPNTNYE		VTWYTSWSPC		PECAGEVAEF		LARHSNVNLT
IFTARLYYFW		DTDYQEGLRS		LSQEGASVEI		MGYKDFKYCW		ENFVYNDDEP
FKPWKGLKYN		FLFLDSKLQE		ILE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
• Wiegand H.L., Doehle B.P., Bogerd H.P., Cullen B.R. (2004). A second human antiretroviral factor, APOBEC3F, is suppressed by the HIV-1 and HIV-2 Vif proteins. EMBO J. 23: 2451—2458. PMID 15152192 DOI:10.1038/sj.emboj.7600246
• Hakata Y., Landau N.R. (2006). Reversed functional organization of mouse and human APOBEC3 cytidine deaminase domains. J. Biol. Chem. 281: 36624—36631. PMID 17020885 DOI:10.1074/jbc.M604980200
• Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies. PLoS Pathog. 2: E41—E41. PMID 16699599 DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
• Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350

Див. також

• Хромосома 22