APOBEC3B

APOBEC3B (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 382 амінокислот, а молекулярна маса — 45 924.

APOBEC3B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 5CQD, 5CQH, 5CQI, 5CQK, 2NBQ
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3B, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B
Зовнішні ІД	OMIM: 607110 MGI: 1933111 HomoloGene: 105420 GeneCards: APOBEC3B
Онтологія гена Молекулярна функція • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • zinc ion binding • каталітична активність • hydrolase activity • зв'язування з іоном металу • deoxycytidine deaminase activity • RNA binding • cytidine deaminase activity Клітинна компонента • клітинне ядро • цитоплазма Біологічний процес • negative regulation of transposition • вроджений імунітет • процес імунної системи • defense response to virus • cytidine deamination • cytidine to uridine editing • DNA demethylation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9582	80287
Ensembl	ENSG00000179750	ENSMUSG00000009585
UniProt	Q9UH17	Q99J72
RefSeq (мРНК)	NM_004900 NM_001270411	NM_001160415 NM_030255 NM_001347041
RefSeq (білок)	NP_001257340 NP_004891	NP_001153887 NP_001333970 NP_084531
Локус (UCSC)	Хр. 22: 38.98 – 38.99 Mb	Хр. 15: 79.78 – 79.8 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNPQIRNPME		RMYRDTFYDN		FENEPILYGR		SYTWLCYEVK		IKRGRSNLLW
DTGVFRGQVY		FKPQYHAEMC		FLSWFCGNQL		PAYKCFQITW		FVSWTPCPDC
VAKLAEFLSE		HPNVTLTISA		ARLYYYWERD		YRRALCRLSQ		AGARVTIMDY
EEFAYCWENF		VYNEGQQFMP		WYKFDENYAF		LHRTLKEILR		YLMDPDTFTF
NFNNDPLVLR		RRQTYLCYEV		ERLDNGTWVL		MDQHMGFLCN		EAKNLLCGFY
GRHAELRFLD		LVPSLQLDPA		QIYRVTWFIS		WSPCFSWGCA		GEVRAFLQEN
THVRLRIFAA		RIYDYDPLYK		EALQMLRDAG		AQVSIMTYDE		FEYCWDTFVY
RQGCPFQPWD		GLEEHSQALS		GRLRAILQNQ		GN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Rose K.M., Marin M., Kozak S.L., Kabat D. (2005). Regulated production and anti-HIV type 1 activities of cytidine deaminases APOBEC3B, 3F, and 3G. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 21: 611—619. PMID 16060832 DOI:10.1089/aid.2005.21.611
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
• Hakata Y., Landau N.R. (2006). Reversed functional organization of mouse and human APOBEC3 cytidine deaminase domains. J. Biol. Chem. 281: 36624—36631. PMID 17020885 DOI:10.1074/jbc.M604980200
• Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies. PLoS Pathog. 2: E41—E41. PMID 16699599 DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
• Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350

Див. також

• Хромосома 22