APLF

APLF (англ. Aprataxin and PNKP like factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 2-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 511 амінокислот, а молекулярна маса — 56 956.

APLF
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2KQB, 2KQC, 2KQD, 2KQE, 2KUO, 5E50
Ідентифікатори
Символи	APLF, APFL, C2orf13, PALF, Xip1, ZCCHH1, aprataxin and PNKP like factor
Зовнішні ІД	OMIM: 611035 MGI: 1919353 HomoloGene: 49753 GeneCards: APLF
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • endodeoxyribonuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • 3'-5' exonuclease activity • зв'язування з іоном металу • lyase activity • class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity Клітинна компонента • site of double-strand break • цитоплазма • гіалоплазма • клітинне ядро • нуклеоплазма • хромосома Біологічний процес • single strand break repair • regulation of isotype switching • positive regulation of DNA ligation • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • cellular response to DNA damage stimulus • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	200558	72103
Ensembl	ENSG00000169621	ENSMUSG00000030051
UniProt	Q8IW19	Q9D842
RefSeq (мРНК)	NM_173545	NM_001170489 NM_024251 NM_001372332
RefSeq (білок)	NP_775816	NP_001163960 NP_077213 NP_001359261
Локус (UCSC)	Хр. 2: 68.47 – 68.66 Mb	Хр. 6: 87.61 – 87.65 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSGGFELQPR		DGGPRVALAP		GETVIGRGPL		LGITDKRVSR		RHAILEVAGG
QLRIKPIHTN		PCFYQSSEKS		QLLPLKPNLW		CYLNPGDSFS		LLVDKYIFRI
LSIPSEVEMQ		CTLRNSQVLD		EDNILNETPK		SPVINLPHET		TGASQLEGST
EIAKTQMTPT		NSVSFLGENR		DCNKQQPILA		ERKRILPTWM		LAEHLSDQNL
SVPAISGGNV		IQGSGKEEIC		KDKSQLNTTQ		QGRRQLISSG		SSENTSAEQD
TGEECKNTDQ		EESTISSKEM		PQSFSAITLS		NTEMNNIKTN		AQRNKLPIEE
LGKVSKHKIA		TKRTPHKEDE		AMSCSENCSS		AQGDSLQDES		QGSHSESSSN
PSNPETLHAK		ATDSVLQGSE		GNKVKRTSCM		YGANCYRKNP		VHFQHFSHPG
DSDYGGVQIV		GQDETDDRPE		CPYGPSCYRK		NPQHKIEYRH		NTLPVRNVLD
EDNDNVGQPN		EYDLNDSFLD		DEEEDYEPTD		EDSDWEPGKE		DEEKEDVEEL
LKEAKRFMKR		K

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до ліаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Iles N., Rulten S., El-Khamisy S.F., Caldecott K.W. (2007). APLF (C2orf13) is a novel human protein involved in the cellular response to chromosomal DNA strand breaks. Mol. Cell. Biol. 27: 3793—3803. PMID 17353262 DOI:10.1128/MCB.02269-06
• Macrae C.J., McCulloch R.D., Ylanko J., Durocher D., Koch C.A. (2008). APLF (C2orf13) facilitates nonhomologous end-joining and undergoes ATM-dependent hyperphosphorylation following ionizing radiation. DNA Repair. 7: 292—302. PMID 18077224 DOI:10.1016/j.dnarep.2007.10.008
• Rulten S.L., Cortes-Ledesma F., Guo L., Iles N.J., Caldecott K.W. (2008). APLF (C2orf13) is a novel component of poly(ADP-ribose) signaling in mammalian cells. Mol. Cell. Biol. 28: 4620—4628. PMID 18474613 DOI:10.1128/MCB.02243-07

Див. також

• Хромосома 2